Однако Реформация приобретала все новых сторонников. Когда папой стал кардинал Карафа под именем Павла IV
(1555–1559), верными Риму оставались только южная часть Европы, Пиренейский полуостров и Италия. На севере Европы Реформация полностью победила. В 1555 г. в Германии был заключен так называемый Аугсбургский религиозный мир между католиками и протестантами, в Испании упрочилось положение Габсбургов, укрепилась монархия во Франции. В этих условиях Павел IV сделал инквизицию во главе с доминиканцами орудием Контрреформации. Папа предоставил беспредельные права инквизиторам: чтобы начать процесс, достаточно было безосновательного доноса или подозрения. В 1559 г. Павел IV опубликовал первый «Индекс» («Указатель») запрещенных книг – грозное оружие для защиты тридентских решений и преследования несогласных.Своей жестокостью Павел IV укрепил только страх и ненависть, но не авторитет папства. В 1559 г. после его смерти началось восстание в Риме. Подогреваемая представителями родов Колонна и Орсини толпа разбила на куски статую папы, а ее голову, увенчанную тиарой, протащила по улицам Рима.
Завершил работу Тридентского собора в 1563 г. папа Пий IV
(1559–1565). Судьбоносным для будущего Церкви было постановление о создании семинарий и подготовке священников, способных проводить реформы и противостоять протестантам. Собор отменил (на время) продажу индульгенций и принял декреты об отпущении грехов, о чистилище, о почитании святых. Католические догматы были окончательно отделены от протестантских и получили свое нынешнее выражение.В 1564 г. Пий IV утвердил декреты Собора и составил из них так называемое Тридентское исповедание, которому должны были приносить присягу все епископы и профессора университетов. Его признали не все и не сразу. Монархи подписали с папой конкордаты и признали папский абсолютизм внутри Церкви. Пий IV был первым папой, сознательно отказавшимся от стремления поставить Церковь и папство над светской властью.
Правление Пия V
(1566–1572), бывшего главы Римской инквизиции, определило дух католицизма Нового времени. Пий V учредил Конгрегацию Собора для правильного толкования и проведения его решений, издал «Римский катехизис» и реформировал «Римский Псалтырь» для укрепления единства веры. В Церкви утвердилась латынь в ущерб национальным языкам. Этот суровый монах, разделавшись с непотизмом и симонией, принялся за реформу курии. При Пие V произошел полный разрыв Англиканской церкви с Римом. Папа благословил террор инквизиции в Испании и Италии, от Франции требовал силового подавления гугенотов, а в освободительной борьбе в Нидерландах он занял враждебную позицию на стороне Испании и католицизма. Правление Пия V было вершиной Контрреформации. Он стал последним святым папой.Перед его преемником Григорием XIII
(1572–1585) встала новая задача: осуществить Контрреформацию за пределами Италии, что он делал с помощью иезуитов и капуцинов. В Риме папа создает знаменитый Григорианский университет, возглавляемый и поныне иезуитами. Папа Григорий прославился реформой календаря, который получил его имя, а также своим отношением к кровавым событиям Варфоломеевской ночи 1572 г. во Франции. По случаю победы над гугенотами папа отслужил благодарственную мессу, отправил в Париж поздравительное послание, объявил победу над еретиками всеобщим праздником и приказал отчеканить монету в память этого события.Папа Сикст V
(1585–1590), согласно легенде, был выходцем из бедной крестьянской семьи, но сделал невероятную карьеру: стал генералом ордена францисканцев и кардиналом, сам выдвинул свою кандидатуру на конклаве и был избран папой единогласно. Папа Сикст V совершил последнее в истории папства отлучение монарха: он отлучил королеву Елизавету за казнь в 1587 г. католички Марии Стюарт и объявил крестовый поход против нее. Сикст V укрепил Папское государство, беспощадно подавив бандитизм, ставший бичом Рима и Италии, привел в порядок финансы Ватикана и создал новый, уже барочный облик Рима, сделал его центром всемирного паломничества. Кроме того, он сам исправил текст Вульгаты.Последним папой эпохи Контрреформации был Климент VIII
(1592–1605). В это время формирование абсолютных монархий еще нуждалось в католицизме как идейной опоре. Но уже во второй половине XVII в. положение кардинально изменилось. Теорию папского суверенитета в условиях абсолютной светской монархии разработали иезуиты. Главную роль в этом сыграл кардинал Роберто Беллармино (1542–1621), крупнейший католический апологет эпохи Контрреформации. Как Гильдебранд и Иннокентий III, он использовал образ тела (светская власть) и души (церковная власть). Папа назначен Богом надзирать над государствами и наделен непререкаемой властью. Королевская власть тоже божественна, но народ может лишить короля этой власти. Так совмещаются папский абсолютизм и народный суверенитет. Для короля же главное – верность вере. Климент VIII был инициатором исправления многих богослужебных книг и нового издания Вульгаты в 1592 г.