Самый крупный массив таких документов, наиболее полно отражающих все основные аспекты Катынского дела, находится на спецхранении в Архиве президента Российской Федерации. Второй по важности является коллекция документов, в первую очередь трофейных немецких, в 1987 году изъятая группой военных архивистов под руководством бывшего начальника Военно-научного управления М.А. Гареева из ЦАМО (г. Подольск) и других архивов и помещенная по инициативе М.С Горбачева на спецхранение в Особый архив Генерального штаба ВС СССР. Исчерпывающая информация об истинных обстоятельствах Катынского дела имеется также в фондах Центрального архива ФСБ.
Крупные массивы архивных документов об истинных обстоятельствах Катынского дела находятся на спецхранении и в некоторых других ведомственных и государственных архивах России. Среди них наибольший интерес представляет массив документов межведомственной Координационной комиссии по Катынскому делу, работавшей при МИД СССР, и подлинные статистические данные о репрессиях в отношении польских граждан за период с 17 сентября 1939 год по 30 июля 1941 года, хранящиеся в ведомственном архиве Генеральной прокуратуры РФ и Государственном архиве Российской Федерации.
12 мая 2009 года на плановой встрече представителей думской фракции КПРФ с президентом Российской Федерации руководителем фракции Г.А. Зюгановым было лично передано Д.А. Медведеву официальное письмо с просьбой о рассекречивании архивных документов, содержащих сведения об истинных обстоятельствах Катынского дела, в первую очередь коллекции документов, помещенной в 1987 году на спецхранение в Особый архив Генерального штаба ВС СССР. Через несколько дней состоялась личная встреча Г.А. Зюганова и Д.А. Медведева. На этой встрече президент РФ продемонстрировал свою осведомленность об истинных обстоятельствах Катынского дела, однако заявил, что политическое решение по данной проблеме в прошлом уже было принято и что радикальное изменение этого решения в настоящее время представляет определенные сложности для официальных российских структур. В ответ Г.А. Зюганов предложил поручить выявление истинных обстоятельств Катынского дела общественности. Д.А. Медведев согласился с этим предложением.
В конце мая — начале июня 2009 года письмо с просьбой о проведении рассекречивания документов Катынского дела и положительной резолюцией Д.А. Медведева было разослано в соответствующие российские архивы. Однако руководители архивов по политическим мотивам уклонились от исполнения просьбы президента РФ.
Единственным реальным результатом стало рассекречивание по инициативе начальника Военно-научного управления РФ генерал-полковника Анатолия Ноговицина двух второстепенных документов Политуправления 1-го Украинского фронта, содержащих свидетельства граждан Германии, косвенно доказывающие виновность немецкой стороны в Катынском расстреле.
В сложившихся условиях, при отсутствии содействия независимому расследованию истинных обстоятельств Катынского дела со стороны высшего политического руководства России, руководства Росархива и руководителей российских архивов единственным легальным методом поиска документов по Катыни остается самостоятельный поиск их исследователями в открытых фондах общедоступных российских архивов.
Однако при проведении этой работы приходится учитывать то обстоятельство, что архивы СССР, Польши и других стран неоднократно подвергались политическим кампаниям по дополнительному засекречиванию и изъятию документов, имевших какое-либо отношение к Катынскому делу. Поэтому при поиске в архивах документов по Катыни мы вынуждены руководствоваться принципом: «Отсутствие информации само по себе является информацией». Параллельно с поиском конкретных документов по теме приходится также выявлять подозрительные «лакуны» в массивах рассекреченных документов.
К примеру, по неизвестной причине в фонде Главного управления аэродромного строительства НКВД в ГАРФе отсутствуют объяснительные записки от начальников трех лагерных отделений Вяземлага — Смоленского, Купринского и Краснинского асфальтобетонных районов — об обстоятельствах эвакуации летом 1941 года личного состава и техники. По всем остальным девяти АБР Вяземлага такие записки есть, а по трем указанным — нет! С учетом точного совпадения мест дислокации Смоленского, Купринского и Краснинского АБР с указанными в материалах комиссии Бурденко местами дислокации «лагерей особого назначения» № 1-ОН, № 2-ОН, № 3-ОН изъятие объяснительных записок начальников этих АБР из общего массива документов Вяземлага следует признать косвенным доказательством факта содержания «катынского» польского контингента в этих трех АБР.