Не являясь специалистами в области судебно-медицинской экспертизы, занимавшей существенное место в «Сообщении Специальной комиссии.», авторы польской экспертизы сосредоточили внимание на анализе подбора и показаний свидетелей. Подбор свидетелей вызвал большие нарекания: в их числе не было ни одного польского офицера из каких-либо лагерей (группа вывезенных в Павлищев Бор — Грязовец осталась в живых), не были сняты показания с сотрудников НКВД из Козельского, Старобельского и Осташковского лагерей, а также лагерей № 1-ОН, № 2-ОН, № 3-ОН, кроме никому не известного майора Ветошникова, показания которого вызвали большие сомнения.
Не внушило доверия утверждение об использовании офицеров всех рангов, в том числе отставников-инвалидов, на строительно-дорожных работах, в то время как в других офицерских лагерях (Павлищев Бор, Грязовец, Козельск-2) такой общей повинности не было, работа была добровольной. Отмечалось отсутствие вразумительного объяснения, почему офицеры весной 1940 г. выгружались на станции Гнездово (в 3 км от места казни в Катынском лесу). На основе тщательного анализа линии перемещения фронта и обстоятельств взятия г. Смоленска польская экспертиза оценила как путанную и противоречивую, «абсолютно неправдоподобную» версию о невозможности эвакуации лагерей, об их переходе в руки немцев без попыток самоосвобождения, бегства, возвращения на Родину. Само существование указанных лагерей «особого назначения», подчеркивали авторы экспертизы, не было доказано, поскольку полностью отсутствовала конкретная информация об их размещении, после войны не было попыток их продемонстрировать или представить какие-либо документы, подтверждающие их наличие.
Показания свидетелей о времени расстрела были охарактеризованы как отнюдь не вносящие ясности (август, август — сентябрь, конец сентября 1941 г.), было отмечено, что в итоговых документах комиссии H.H. Бурденко оно определялось также неоднозначно: в «Сообщении Специальной комиссии.» как осень 1941 г., в судебно-медицинской экспертизе — как время «между сентябрем — декабрем 1941 года», без достаточного обоснования любой из этих дат. Советский свидетель на Нюрнбергском процессе Б.В. Базилевский назвал сентябрь 1941 г. сроком завершения расстрелов. Польские эксперты высказали предположение: произвольное смещение времени расстрелов было вызвано наличием теплой зимней одежды на трупах, что в январе 1944 года было замечено западными корреспондентами и вызвало стремление исключить август.
Польская экспертиза установила, что оснований для версии о нахождении в могилах 11000 трупов комиссия H.H. Бурденко не имела. Было извлечено лишь 925 ранее обследованных трупов. Судя по обозначенным в «Сообщении Специальной комиссии.» размерам могил, была дана лишь общая локализация участка захоронения, могилы не вскрывались до дна. Никакие новые могилы найдены не были. Новые личные документы не были обнаружены. Таким образом, могила № 8, где эксгумация была комиссией ПКК приостановлена, не исследовалась до конца.
По мнению польских экспертов, реальных оснований для увеличения показателя количества трупов с 4151 до 11000 не было. Оно понадобилось для косвенного утверждения, что в Катынском лесу захоронены польские военнопленные, содержавшиеся не только в Козельском, ной в Старобельском и Осташковском лагерях. Было обращено внимание на то, что попытки продолжить идентификацию не предпринимались, наличие металлических жетонов на трупах — результат предпринятой ранее идентификации — было полностью проигнорировано.
Польская экспертиза 1988 г. констатировала, что детальный анализ содержащегося в «Сообщении Специальной комиссии.» утверждения о непосредственных виновниках расстрела в Катынском лесу и его рассмотрение в ходе Нюрнбергского процесса убедительно установили необоснованность версии о вине оберст-лейтенанта Ф. Аренса (а не Арнеса) и руководимого им подразделения (537-го полка связи, а не стройбата). Ф. Аренс возглавил полк лишь в ноябре 1941 г. Польская экспертиза констатировала, что в Нюрнберге не получила подтверждение и версия о возможной ответственности за массовое убийство в Катыни оперативной группы «Б». В результате, несмотря на признание в приговоре Международного трибунала Германии виновной в преступлениях в отношении пленных, Катынское дело ей инкриминировано не было.
Польские эксперты отметили применявшийся в «Сообщении Специальной комиссии.» прием — обвинение немцев в фальсифицировании свидетельских показаний и повторные допросы оставшихся в живых находившихся на месте после освобождения Смоленской области свидетелей. Однако сравнения показаний они не проводили.
Эксперты высказались по поводу вещественных доказательств и их использования.