НКВД СССР получал указание рассмотреть дела о находившихся в лагерях 14700 польских военнопленных и содержавшихся в тюрьмах 11000 поляков (количество давалось округленно) «без вызова арестованных и без предъявления обвинения, постановления об окончании следствия и обвинительного заключения» — на основании справок Управления по делам военнопленных НКВД СССР и справок из дел, предоставляемых НКВД УССР и НКВД БССР.
Рассмотрение дел и вынесение решений возлагалось постановлением на «тройку» в составе руководящих работников НКВД СССР — заместителей наркома В. Н. Меркулова и Б. З. Кобулова, а также начальника 1-го спецотдела Л. Ф. Баштакова. Однако как рассмотрение дел, так и вынесение решений превращалось в чисто техническую ведомственную операцию, поскольку постановление предписывало «рассмотреть в особом порядке, с применением к ним высшей меры наказания — расстрела».
Это надправовое решение придавало минимальную видимость законности в глазах исполнителей расстрелов, поскольку об этом никто другой не должен был знать, так как акция проводилась в строжайшей тайне. Она была сугубо внутриведомственным делом, сведенным до технической процедуры исполнения. Сам состав «тройки», в которой Л. П. Берия был заменен Л. Ф. Баштаковым, занимавшимся оформлением документации на расстрелянных, говорит о снижении ее ведомственного уровня на порядок даже по сравнению с особым совещанием. По запросу заместителя начальника Управления по делам военнопленных НКВД СССР И. И. Хохлова от 11 марта 1940 г. со сроком исполнения 15 марта был составлен список содержавшихся в лагерях священнослужителей (т. 3/39. Л. д. 102–103), которые были вывезены из лагерей и расстреляны. В Смоленске, по показаниям П. Ф. Климова, они расстреливались в подвале УНКВД (т. 15., л. д. 82).
На основании постановления от 5 марта 1940 г. Сопруненко формировал в апреле — мае 1940 г. из военнопленных команды по 90–260 человек, на которых оформлял списки-предписания (с единой нумерацией для всех трех лагерей) с приказами начальникам лагерей отправлять их в УНКВД Смоленской, Калининской и Харьковской областей (т. 6/42. Л. д. 112–113; т. 7/43. Л. д. 104–107; т. 11. Л. д. 1 —361 и др.).
С 1 апреля по 19 мая 1940 г. на основании составленных П. К. Сопруненко и его заместителем И. И. Хохловым списков из лагерей военнопленных железнодорожным транспортом под охраной конвоиров 236-го полка конвойных войск НКВД СССР (т. 1/50. Л. д. 9–370) во внутренние тюрьмы НКВД и на станцию Гнездово под Смоленском, в Катынский лес отправлялись команды военнопленных.
Расстрелы осуществлялись во внутренних тюрьмах УНКВД в специально оборудованных помещениях вечером и по ночам, поодиночке, в Катынском лесу — днем, партиями. Расстрелами и захоронениями поляков занимались сотрудники комендантской службы, тюремные надзиратели и водители УНКВД названных областей. Вся непосредственная работа по отправке военнопленных на расстрел контролировалась Управлением по делам военнопленных НКВД СССР и лично П. К. Сопруненко и И. И. Хохловым, которые требовали неукоснительного соблюдения секретности и точности при отправке военнопленных в соответствии со списками-предписаниями, а также систематических докладов о ходе разгрузки лагерей (т. 11/47. Л. д. 118–122; т. 8. Л. д. 332; т. 7. Л. д. 227, 237; т. 7/43. Л. д. 103–107; т. 10/46. Л. д. 261–263; т. 20. Л. д. 39–40, 71–73, 117–118, 119). П. К. Сопруненко, в свою очередь, еженедельно составлял для отчета перед руководством НКВД СССР о проведении операции сводки о наличии военнопленных в лагерях НКВД и справки о прохождении дел (т. 10/46. Л. д. 243–335). После завершения операции по указанию П. К. Сопруненко и СВ. Нехорошева значительная часть документации о военнопленных для сокрытия факта расстрела была сожжена (т. 7/43. Л. д. 109,151–152). Поскольку в лагеря продолжала поступать корреспонденция и запросы от родственников расстрелянных поляков, было предписано возвращать их «за ненахождением адресата» (т. 13/49. Л. д. 250; т. 10/46. Л. д. 152).
Согласно записке КГБ при СМ СССР за подписью председателя КГБ А. Н. Шелепина от 3 марта 1959 г., всего было расстреляно 21857 человек «лиц бывшей буржуазной Польши», в том числе в Катынском лесу (военнопленных из Козельского лагеря) — 4421 человек, из Старобельского лагеря — 3820 человек, из Осташковского лагеря — 6311 человек (как место расстрела указывались лагеря). 7305 человек были расстреляны в «лагерях и тюрьмах Западной Украины и Западной Белоруссии» (т. 115. Л. д. 17–19).
Допрошенный в качестве свидетеля А. Н. Шелепин подтвердил подлинность записки и фактов, изложенных в ней.
Эти данные не совпадают с отчетными данными лагерей в сторону повышения численности расстрелянных.
При подсчете общего количества расстрелянных во исполнение постановления Политбюро ЦК ВКП(б) от 5 марта 1940 г. наиболее точными следует считать итоговые данные А. Н. Шелепина.