Памятный для русских 1794 год застал Цицианова в Гродно, где, по его выражению, «он стоял с полком, как на ножах», потому что в крае с минуты на минуту ожидали восстания. Кровавая резня, известная под именем Варшавской заутрени, нашла себе отголосок в Вильно и в Гродно. В первом из этих городов войска были застигнуты врасплох и понесли немало утрат, но в Гродно мятеж совершенно не удался. Цицианов, не веривший льстивым польским речам, зорко следил за настроением умов, не допускал наплыва в город праздного люда и держал свой полк постоянно наготове. При первом взрыве мятежа он вывел свои батальоны из Гродно, обложил ими город и под угрозой штурма заставил магистрат выдать главных зачинщиков. На жителей он наложил контрибуцию в сто тысяч рублей, назначив для ее сбора однодневный срок; и страшные жерла орудий, наведенные на улицы, вид батальонов, готовых по первому знаку не оставить камня на камне, заставили поспешить с исполнением требований грозного князя. Слух об этом, облетев окрестности, много способствовал тому, что спокойствие и порядок были сохранены в соседних городах и местечках.
Между тем полк получил приказание выступить к Вильно. Цицианов по пути выгнал из Слонима мятежные банды князя Сапеги, затем командовал всеми войсками, которые штурмовали Вильно, а в августе с одним батальоном быстро перешел в Минскую губернию и у местечка Любавы наголову разбил отряд Грабовского, взяв его самого в плен вместе со всей артиллерией. Подвиги Цицианова так выделились тогда на общем фоне военных действий, что сам Суворов в одном из приказов предписывал войскам «сражаться решительно, как храбрый генерал Цицианов»... Ордена св. Владимира 3-ей степени за Гродно, Георгия на шею за Вильно, золотая шпага с надписью «За храбрость» за поражение Грабовского и полторы тысячи десятин земли за окончание войны были наградами князя Цицианова.
Назначенный императрицей в корпус графа Валериана Александровича Зубова, Цицианов участвовал в персидском походе и некоторое время был комендантом в городе Баку, где сблизился с Гуссейн-Кули-ханом, сделавшимся впоследствии его гнусным убийцей.
Короткий период царствования Павла Петровича, подобно большей части лиц, отличенных Екатериной, Цицианов провел в отставке. Император Александр снова призвал его на службу, произвел в генерал-лейтенанты и одиннадцатого сентября 1802 года назначил инспектором Кавказской линии и главнокомандующим в Грузию. Истомленная борьбой Грузия требовала энергичного, твердого правителя, и в этом отношении выбор Цицианова был безошибочен. С назначением его для Грузии наступают лучшие времена, времена действительной защиты царства русским оружием и полной перемены внутренней и внешней политики, приведшей к покорению всего того, что издавна было враждебно царству и мешало его жизни и правильному развитию. При Цицианове уже не враги разоряют Грузию, а сама Грузия берет в свои руки судьбу окружающих ее народов.
Когда Цицианов прибыл в Тифлис, страна, только что присоединенная к России, была раздираема еще внутренними смутами, во главе которых становился то тот, то другой царевич, домогавшийся сесть на престол Ираклия. Цицианов, сам грузин и близкий родственник царицы Марии, вдовствующей супруги Георгия XIII, урожденной также княжны Цициановой, хорошо знал свою родину и имел то убеждение, что России предстоит одно из двух: или отозвать обратно войска и бросить страну на жертву анархии, или же ввести твердое управление, сообразное с достоинством и нуждами народа, но что в этом случае всех членов грузинской царской фамилии необходимо было выслать из Грузии в Россию.