Вначале деятельность Нерсеса находила полное признание и оценивалась по заслугам, чему немало способствовала и привязанность к нему патриарха. По окончании персидской войны, жалуя престарелому Ефрему алмазные знаки ордена Александра Невского, государь в то же время и тем же орденом без украшений, награждает и Нерсеса, при следующем замечательном рескрипте:
“С давнего времени,– писал государь,– оказывали Вы отличную приверженность к России, и в особенности в нынешнюю войну с персиянами, когда Вы приняли деятельное участие при наших войсках, подвергая себя даже личной опасности. Генерал-адъютант Паскевич неоднократно доносил о таковых похвальных подвигах ваших, изъясняя, что во все продолжение войны Вы ознаменовали себя особым усердием к пользе России, постоянно сохраняя в народе Армянском приязненное расположение не только благоразумными советами и внушениями, но и личным своим примером. В ознаменование столь важных услуг, и в знак особенного Моего благоволения ко всему народу Армянскому, я сопричисляю Вас к ордену св. Александра Невского”.
Но отношения Паскевича к Нерсесу скоро изменились. Есть положительные данные предполагать, что главным поводом к тому послужило заявление Нерсеса, посланное им Паскевичу в Дей-Караган, относительно присоединения к России Макинского ханства и проведения новой персидской границы. Нерсес полагал справедливо, что эта граница, начиная от Нахичевани, должна была идти на запад не по Араксу,– как это было уже решено,– а прямой линией по горным кряжам вплоть до турецких пределов, чтобы Персия не вдавалась острым углом во владение России. Паскевич оскорбился этим указанием – и совета не принял.
В марте 1828 года отношения между ними настолько обострились, что Паскевич даже совершенно устранил Нерсеса от фактического участия в управлении Эриванской областью; уведомляя только Дибича, что “это сделано им самым вежливым образом, без нанесения ему малейшего оскорбления”. Затем, в целом ряде донесений он старается дискредитировать Нерсеса в глазах государя, представляя не только деятельность его по отношению к России, но и всю его прошлую жизнь сплетением интриг, созданных его самовластием и честолюбием. Донесения эти в конце концов достигли своих целей. И в июле 1828 года Дибич уже пишет Паскевичу: “Государь Император из неоднократных донесений вашего сиятельства заметил, что деятельность архиепископа Нерсеса часто оказывается противной видам и пользам нашего правительства, чему может служить доказательством жалоба армянских ратников, которых он самовольно обязал служить двадцать пять лет в Эчмиадзине. Все это дает повод к заключению, не питает ли Нерсес какие-либо секретные замыслы и намерения насчет присоединенных к России областей?”
Вот что ответил на это Паскевич:
“Поведение Нерсеса не обнаруживает каких-нибудь вредных против правительства замыслов или каких-либо скрытных намерений насчет областей, присоединенных к России. Напротив, во время персидской войны Нерсес всегда являл готовность к услугам в пользу нашу и показывал приверженность к России. Но, отдавая ему полную справедливость в сем отношении, я не могу умолчать, что властолюбие увлекает его за пределы обязанностей звания его и сана и что он не только в духовных, но и в мирских делах желает действовать с самовластием неограниченным... Глубокая старость и болезни верховного патриарха Ефрема дали ему случай овладеть управлением армянской церкви,– и он, не довольствуясь этим, распространяет свое влияние и на дела мирские, желая выставить себя как бы главой и начальником всего армянского народа. В сем отношении честолюбие его простерлось до того, что он начал издавать прокламации к заграничным армянам и вошел в сношение с соседними турецкими начальниками, стараясь выставлять себя в виде соседа и владельца берега реки Арпачая, отделяя собственные свои выгоды от общих интересов государственных... Сверх того, Нерсес обнаружил неоднократно односторонние виды свои к увеличению доходов и имущества Эчмиадзинского монастыря, хотя бы то клонилось и к ущербу правительства. Одной из причин известных интриг, бывших в Эривани, служило, без сомнения, то, что Нерсес увидел с первого раза заботливость мою об охранении польз казенных и постиг, что я буду сильно противодействовать намерениям его насчет присвоения армянской церковью имений и доходов, ей не принадлежащих.”