На самом деле корабли Черноморского флота находились в районе конфликта, имея задачу оказать при необходимости поддержку 345-му парашютно-десантному полку, который базировался на аэродроме Гудауты.
Хоть какую-то боевую ценность из всего отряда представлял сторожевой корабль «Безукоризненный». Он мог действовать по берегу из двух спаренных 76-мм установок АК-726. Остальные были вспомогательными судами Черноморского флота.
В конце сентября у абхазов появились… ВВС. Они состояли из трех мотодельтапланов – два «Фрегата» и «Титан», закупленных в начале сентября в одном из московских аэроклубов. Их использовали для разведки, корректировки артиллерийского огня и заброски диверсантов. А 6 октября в 22 ч. 40 мин. абхазский летчик Олег Чанба на мотодельтаплане нанес бомбовый удар по аэропорту Сухуми, где базировались грузинские Ми-24. Его основной целью была башня КДП, но после того, как он увидел, что в аэропорту наряду с боевыми самолетами находятся и два гражданских Ту-154, на которые грузятся беженцы, он сбросил две бомбы на стоянку авиатехники. От взрыва пострадало здание аэровокзала, а пассажиры и работники аэропорта не пострадали. После бомбежки дельтаплан ушел в сторону моря, где его поджидал катер, спасший пилота.
Корабли Черноморского флота продолжали нести боевую службу, сменяя друг друга. Сторожевой корабль «Безукоризненный» находился в районе конфликта с 2 сентября по 10 октября 1992 г., а затем был сменен вышедшим из Севастополя в конце сентября сторожевым кораблем «Разительный».
В октябре 1992 г. миротворческую миссию в зоне грузино-абхазского конфликта выполняли суда Черноморского флота – большой противолодочный корабль «Красный Кавказ» проекта 61, танкер «Иман» типа «Аксай» проекта 6404 и сухогрузный транспорт «Мезень» типа «Тиса», в ноябре – сторожевой корабль «Безукоризненный», в октябре 1992 г. – январе 1993 г. – большой морской танкер «Иван Бубнов».
Воодушевленный успехом своего первого морского десанта 15 августа, грузинский флот предпринял еще несколько десантных операций, которые завершились неудачей. 23 октября абхазами была отбита попытка высадки грузинского морского десанта в районе Гудауты.
В связи с тем, что железнодорожное сообщение Грузии с Абхазией функционировало плохо, а партизаны периодически нападали на составы, морские коммуникации приобретали для грузинского военного командования огромное значение. В октябре, через неделю после потери Гагр, грузины морем из Поти в Сухуми переправили 25 танков. 26–27 октября из Поти в Сухуми переброшено до 50 танков Т-62, 28 октября в район Очамчира перевезено несколько танков, гаубиц и боеприпасы.
Поскольку кораблей у грузинской стороны катастрофически не хватало, они предприняли попытку захватить их у Черноморского флота. 27 октября грузинская сторона блокировала отряд черноморских кораблей в составе большого противолодочного корабля и шести вспомогательных судов в гавани Поти и попыталась их объявить своими, но встретила жесткий отпор.
Одновременно с этой провокацией грузины обстреляли судно «Баскунчак». 26 октября поисково-спасательный корабль Черноморского флота «Баскунчак» проекта 596П (старшим на борту был комбриг) прибыл к Сухуми для эвакуации военнослужащих и сотрудников санатория Московского округа ПВО. Заход был предварительно согласован с грузинской стороной, но она не разрешила кораблю швартоваться к причалу, и он остался в море.
27 октября «Баскунчак» снова попытался зайти в Сухуми. В двух милях от порта по судну начали вести прицельный огонь из 100-мм орудий. Десять снарядов разорвались в 30 метрах от борта. Осколки пролетали над головами матросов, рассыпаясь по металлической палубе кусками 70 20 мм. К счастью, никто не пострадал. Огонь вела грузинская сторона, накануне порт окружили грузинские танки. Снаряды летели поверх голов упавших на землю беженцев. Оправдываясь, грузины заявили, что огонь вела абхазская сторона. Несмотря на провокацию, моряки выполнили приказ – эвакуировать людей. Тысяча беженцев, прорвавшись сквозь кордоны грузинских «стражей порядка», побросав половину вещей и уплатив причитающуюся «дань» за выход к судну, все же была выведена из-под обстрела. Пятнадцать тысяч – в такую сумму, по словам беженцев, оценили грузинские вояки каждое разрешение на эвакуацию. У кого не было денег, они тут же, в порту, снимали с себя золотые украшения.
К 1 ноября, несмотря на противодействия грузинских властей, корабли Черноморского флота завершили эвакуацию из Сухуми военнослужащих и сотрудников санатория Московского округа ПВО, начатую в середине октября. Это судно и корабль управления «Даурия» эвакуировали 1204 человека.
Кроме вывоза людей из Абхазии, флот продолжал эвакуировать имущество и личный состав вооруженных сил из Грузии. Так, сторожевой корабль «Разительный» обеспечивал безопасность морских перевозок. 29 октября «Разительный» и корабль управления «Даурия» доставили в Новороссийск эвакуированных жен и детей военнослужащих.