Упорядочилась данная система при Павле I, а непосредственно этим занимался Михаил Илларионович Кутузов
[54]. В 1798 г. царь поручил ему «раз навсегда» составить расписание казачьих постов на финской границе. 11 мая Кутузов представил проекты расписаний на летнее и зимнее время, предусматривалось держать на постах 378–414 донских казаков с 12 офицерами. Павел утвердил проекты без замечаний. А в 1799 г. Кутузов был назначен Литовским генерал-губернатором, получив при этом инструкцию о налаживании пограничной службы — поскольку через границу шла контрабанда, между русскими и прусскими подданными возникали недоразумения по поводу покосов, пастбищ, распашки земель, рубки леса. Кутузов составил «расписание кордонным постам» из донских полков, расположив их от Паланги до Влодавы. Командирам полков было приказано занять «без изъятия все означенные в расписании селения», а если между ними найдутся пропущенные важные пункты, занять и их «по собственному рассмотрению».Правда, в декабре 1800 г. казаков на западной границе заменили егерскими и гусарскими полками — поскольку от донцов требовалось идти в Индию. Но вскоре на престоле оказался Александр I. И охране русских рубежей он также придавал важное значение. При нем началась разработка положений о Казачьих Войсках, в которых четко отражалась эта задача. В 1802 г. были приняты Положения о Донском и Черноморском Войсках. В 1803 г. — об Оренбургском и Уральском. В 1803 г. была проведена реорганизация Заволжского кордона. Строились новые посты, на которых жили казаки. Четыре раза в сутки их разъезды должны были проверять промежутки между постами.
При воцарении Александра к нему обратились и казаки расформированных Войск, Бугского и Екатеринославского. Бугцы получили статус государственных поселян, что в общем-то давало возможность безбедно вести хозяйство. Но среди них было много природных казаков, добровольцев-арнаутов из балканских народов, и такое положение их не устраивало, просили восстановить их в казачьем звании. Среди екатеринославцев природных казаков было меньше, но тоже хватало таких, кто предпочитал служить. По этим ходатайствам Бугское Войско в 1803 г. было восстановлено. К нему приписали 27 станиц и хуторов с центром в г. Вознесенске. Общее их население составляло 12 тыс. человек. Войско формировало 3 полка, которые несли пограничную службу на Днестровской линии. А вот земли Екатеринославского Войска оказались уже «внутренними». И уже перешли в собственность к помещикам и вельможам. Поэтому было решено Войско не возрождать, а желающих вернуться в казачье состояние переселить на Кавказ. Хочешь снова стать казаком — бросай родные края и езжай драться с горцами. Но даже при таком выборе набралось 3227 человек!
В 1808 г. было принято положение о Сибирском линейном Войске. Этот документ впервые придал сибирским казакам единую войсковую организацию. В военное время Войско выставляло 10 полков, а в мирное на него возлагалась кордонная служба, содержание и ремонт укрепленных линий. Кроме того, на Востоке процветала контрабанда — китайские, монгольские, среднеазиатские торговцы проторили дороги в Сибирь, чтобы подешевке скупать пушнину. И на казаков была возложена обязанность таможенной стражи. Расстояния тут были огромные, и граница была поделена на дистанции. Два раза в месяц казаки соседних дистанций встречались на стыке участков, чтобы поддерживать взаимодействие и делиться информацией. А для контроля, что встреча действительно произошла, обменивались особыми ярлыками.