Когда началось формирование Азово-Моздокской линии, с Дона и Волги на Кавказ переселяли тоже в первую очередь старообрядцев. Поехали сюда и расколоучителя с Иргиза, из-за границы. Но они были различных толков и течений, пошел разброд. Современники писали, что терские казаки «все разных расколов». Впрочем, у казаков и раскольничество трансформировалось. Отпала антигосударственная составляющая. И они оставались верными слугами Бога, царя и Отечества. Только Богу служили по-своему — как привыкли. Поэтому светская власть в обиду их не давала. Всесильный Потемкин добился у Синода разрешения для казаков-старообрядцев строить церкви. Возникали скиты — у Калиновской, Червленной, Новогладковской и др. Однако здешние скиты не стали местами, где укрывались и вели раскольничью пропаганду беглые. Они превратились в подобие традиционных казачьих монастырей. В них поселялись инвалиды, убогие, вдовы. Подрабатывали шитьем, возделывали свои сады и виноградники, помогали и станичники — продукты приносили дети и называли имя того, за кого надо помолиться. И местные власти этих скитов «не замечали».
В 1800 г. по инициативе Павла I было принято положение о единоверческой церкви — подчиняющейся Синоду, но осуществляющей богослужение по старопечатным книгам и старым обрядам. В принципе, это было именно то, чего добивались раньше гребенцы. И единоверчество широко распространилось в Уральском Войске, в него перешло более половины казаков. Но на Дону единоверческий храм возник только в одной станице, Верхне-Каргальской. А на Тереке сказался конфликт с официальной Церковью и ее «грузинский» характер, и нововедение не утвердилось. Лишь под влиянием миссионерской деятельности о. Назария (Пузина) возникла так называемая «назаровская церковь», хотя ее прихожане считали сами себя не единоверами, а теми же старообрядцами, только «с настоящим попом, а не с самоставленником».
В 1846 г. на территории Австро-Венгрии была создана Белокриницкая старообрядческая церковь. Единство структуры, возможность поставления священников позволили ей привлечь в России многих сторонников. Но среди казаков белокриницких староверов (их называли «австрийцами») было немного. В основном религиозная жизнь общин проходила под руководством своих выборных уставщиков. А для таинств крещения, венчания, полного чина отпевания пользовались услугами либо беглых попов, либо раз-два в год представители общины ехали в Россию и за плату привозили священника оттуда. Возникали у казаков и толки, неизвестные у других старообрядцев — никуданцы, неокружники, дырники. В целом же можно согласиться с выводом историка Н.И. Великой, что «казачье старообрядчество невозможно отнести к основным течениям (поповцы, беспоповцы) или толкам (поморцы, нетовцы, федосеевцы)». Потому что оно «имело дораскольнический характер». «При отсутствии священников сложились особые формы религиозной деятельности, осуществлявшиеся под руководством наиболее нравственных и уважаемых казаков» [23].
Проникали в среду казачества и ереси, секты. В 1818 г. на Дону в Верхне-Курмоярской есаул Евлампий Кательников
создал секту «духоносцев», его последователи устраивали изнурительные посты и бдения, доходя до экстаза «богоодержимости». Секта была запрещена, Кательникова сослали на Соловки. Распространяли свои учения и баптисты («штунда»), молокане, хлысты, скопцы, адвентисты, представители «Старого Израиля» и «Нового Израиля». Но сама направленность этих сект не соответствовала духу казачества, и они находили очень мало приверженцев.На Кавказе же удельный вес старообрядчества постепенно снижался. В Черноморском Войске господствовало грекорусское Православие. И когда пошла массовая подпитка казаков отставными солдатами, русскими и украинскими крестьянами, они также были «нововерами». Кстати, и грузинское духовенство после присоединения Грузии схлынуло туда, а на линию стали присылать русских священников. В 1829 г. Северный Кавказ был передан в ведение Донской епархии, а в 1843 г. образована Кавказская, и казачьи станицы были подчинены обер-священнику Кавказского корпуса Лаврентию Михайловскому.