Но реформы были далеко не безболезненными. Промышленный бум выплеснул массу хищников, рвачей, жулья. Катилась вакханалия махинаций, «приватизаций». На волне преобразований наверх вылезли и масоны. Три их иерарха попали в ближайшее окружение царя — Д.А. Милютин (военный министр), А.А. Абаза (министр финансов), М.Т. Лорис-Меликов. Они стали и главными реформаторами. Распространялись западные идеи, взгляды, оценки. Европа объявлялась идеалом для подражания с отвержением всего национального, русского. В системе просвещения делался упор на западные труды, подрывалась роль Православия. Не лишне обратить внимание и на продажу Аляски и американского побережья вплоть до Калифорнии — это была самый первый случай «добровольного» отчленения российских территорий. Все последующие реформаторы будут делать то же самое…
В Казачьих Войсках плоды реформ стали неоднозначными. Освобождению крестьян казаки сочувствовали. Но крепостных имели и казачьи дворяне, только на Дону их насчитывалось 300 тыс. А государство-то освободило их без земли. С одной стороны, крестьяне были не виноваты, что их предки очутились на территории Войска. Но ведь и казаки в этом не были виноваты. Войсковая земля составляла «казачий присуд», она обеспечивала тех, кто несет службу, и ее всегда не хватало. А крестьяне казаками не были, да и не испытывали склонности становиться таковыми. Поэтому полных прав им не предоставили. Называли «иногородними», и землю все же выделили, но лишь по 4 десятины.
На Кубани и Тереке крепостных почти не было, только дворовые у офицеров. Но здесь возникли другие проблемы. Так, черноморцы восприняли объединение с линейцами весьма тяжело. Сочли (вероятно, не без оснований), что подобным образом власти стремятся лишить их самобытности и особого статуса, требовали восстановить прежнее положение Черномории. В это время как раз реализовывался проект Евдокимова о колонизации Западного Кавказа, туда планировалось переселить 17 тыс. казачьих семей, в том числе 12400 кубанских, 1200 донских, 2000 крестьянских и 600 солдатских, которых тоже приписывали в казаки. Черноморцы переселяться отказывались — говорили, что потеряют земли, дарованные им Екатериной, а за Кубанью неизвестно, какие права получат. Доходило до арестов протестующих черноморских офицеров, до решения перенести центр Войска из оппозиционного Екатеринодара в устье Лабы (но на это не нашлось средств). Кстати, в 1860-х гг. шло и определение старшинства Казачьих Войск. И черноморская буза стала одной из причин, по которым старшинство Кубанского Войска приняли по Хоперскому полку, а не по запорожцам.
Но в 1862 г. царь принял окончательное решение о переселении. По проектам Евдокимова, следовало перевести на Западный Кавказ 8 офицерских и 800 казачьих семей азовцев. Обещалась денежная компенсация, земля, бесплатный перевоз имущества. Тем не менее, власти понимали, что оставление насиженных мест принесет людяи большие убытки. Поэтому предполагалось провести жеребьевку. От нее освобождались семьи казаков старше 45 лет, не имеющих взрослых сыновей, несовершеннолетние сироты и еще ряд категорий. А те, кто оставался в Приазовье, переводились в сословие государственных крестьян, офицеры — в дворяне. Могли заниматься своим хозяйством уже без службы, Азовское Войско упразднялось.