Служилые закреплялись в Прибайкалье и Забайкалье — были основаны Балаганский, Телембинский, Селенгинский, Удинский остроги. Буряты и тунгусы приветствовали строительство, помогали, поскольку и для них крепости обеспечивали защиту от вылазок маньчжуров. А отряд Степанова поставил на Амуре Кумарский острог. Китайский император направил сюда еще одну армию. Но казаки вместе с подоспевшими на помощь ратниками Бекетова приняли бой. Храбро отбивались в Кумарском остроге, и неприятельское войско было разбито, покатилось прочь «к немалой чести казаков». После этой победы приамурские племена стали склоняться «под государеву руку». И тогда в Пекине было принято решение лишить русских продовольственной базы и потенциальных данников. Маньчжуры устроили массовую депортацию дауров и дючеров, переселяя их на Сунгари. А казаков стеснили военными отрядами, не прекращались бои.
В 1658 г. Степанов докладывал в Якутск: «Поне все в войске оголодали и оскудали, питаяся травою и корением… а сойти с великия реки без государева указу не смеем никуда. А богодойские (т. е. китайские) воинские люди над нами стоят близко и нам против их… стоять и дратца стало нечем, пороху и свинцу нет нисколько». Просил помощи, но она опоздала. Степанов и почти все его соратники погибли. Но очистить от русских Амур китайцам так и не удалось. Албазин устоял, отбив все атаки. А на смену погибшим служилым шли другие, партию из 600 казаков и переселенцев повел из Енисейска в Приамурье атаман Афанасий Пашков
… И результат депортации дауров и дючеров стал для Китая очень далеким от ожидаемого. Земель, пригодных для пашни, в Сибири было мало, они очень ценились, тем более что русским дозволялось селиться только «на порозжих местах». А места в Забайкалье и Приамурье освободились! Сюда пошло интенсивное переселение — и Даурия, оставшаяся без дауров, стала казачьей Даурией.Продолжались исследовательские экспедиции и в других направлениях. В 1651 г. Иван Баранов
с группой «охочих людей» прошел с Колымы на Гижигу, к Охотскому морю. Примерно в это же время Василий Власьев и Кирилл Колкин предприняли плавание на Чукотку, установили контакты с «чухоцкими мужиками». Сотник Курбат Иванов, сменивший в Анадырском крае Дежнева, тоже построил кочи и ходил морем на Чукотку. Открыл залив Креста, бухту Провидения. Десятник Иван Меркурьев Рубец совершил поход на Камчатку. Потом туда же отправился енисейский казак Иван Камчатый. Открыл реку, названную его именем. На обратном пути Камчатый был убит юкагирами, но название реки «Камчатка» впоследствии перенеслось на весь полуостров. В 1680-х иезуит Авриль, беседуя в Москве с окольничим Мусиным-Пушкиным, вытянул из него информацию об Америке и ее жителях. Стало быть, казаки уже и туда забирались…Сибирь обживалась. Русские и коренные жители привыкали друг к другу, при городах возникали национальные слободы. Впрочем, сибирское казачество само было смешанным. Русских женщин тут было очень мало. И казаки женились на местных уроженках после их крещения. В Западной Сибири предпочитали брать в жены татарок, в Восточной — якуток или буряток. Эти народы были ближе русским по быту, и жены могли вести хозяйство казака, да еще и мужа поучить особенностям сибирского скотоводства, огородничества, земледелия. Но крещение местных жителей было обязательным только при заключении браков с русскими. Царское правительство проявляло очень высокую веротерпимость, на смене религии не настаивало. Пропаганда христианства являлась только делом Церкви. Однако, по тогдашним понятиям, переход в христианскую веру вел и к изменению статуса. «Ясачный», согласившийся принять крещение, становился «русским» и переставал платить ясак. Но и крестьянских податей вносить не мог. И воеводам предписывалось вербовать таких людей на службу, они тоже становились казаками. А в Забайкалье в связи с маньчжурской угрозой и условие крещения не соблюдалось. Здесь в службу принимали бурят-буддистов, тунгусов-язычников. И, например, к Нерчинскому острогу было приписано 800 конных тунгусов.
А казачья община в Албазине сохраняла независимость 19 лет. Царских властей не признавала, принимала беглых, объясачивала в свою пользу местных. Пахала землю, разводила скот. Торговала, покупая боеприпасы. И удары китайцев отражала. Но становилось ясно, что рано или поздно враги ее сомнут. Поэтому в 1674 г. албазинцы били челом государю, «вины свои принесли». Что ж, царь их простил. Послал в знак милости икону Знамения Пресвятой Богородицы. И принял казаков на службу. Они стали гарнизоном того же Албазина. Отношения с Китаем Москва пыталась урегулировать мирным путем. В Пекин были направлены посольства Байкова, потом Спафария. Но ничего достичь не удалось. Император Канси был настроен непримиримо. Он сумел подавить последние очаги антиманьчжурского сопротивления в Южном Китае и решил всерьез заняться северными делами.