Часть калмыков ушла далеко на запад от своей родины и обосновалась в Волго-Уральских степях. Объединилась тут с Большой Ногайской ордой и начала набеги на Поволжье, Приуралье, прорывалась на правый берег Волги. Засечные черты уже показали свою эффективность против степняков, и царь повелел строить их, чтобы прикрыться и от ударов с востока. В 1647 г. на р. Барыш была заложена крепость Корсунь, а в 1648 г. на Волге — Симбирск. Они стали базовыми пунктами для строительства Корсунь-Симбирской засечной черты.
Там, где малолюдство и природные условия не позволяли строить сплошные засечные черты (и где не грозили такие массированные вторжения, как со стороны Крыма), возводились оборонительные системы другого рода — «линии». То есть цепочки крепостей. Для степной конницы даже небольшие крепости были серьезным препятствием, штурмовать их значило завязнуть в бою, потерять внезапность, а оставить в тылу — грозило ударом в спину.
Оборонительные сооружения затруднили набеги калмыков. Они предприняли поход на Терек, пограбили местных жителей и казаков, но тоже были отбиты. И рассудили, что выгоднее сотрудничать с Россией. Четверо тайшей обратились к царю с просьбой о подданстве — чтобы им платили жалование, а они будут воевать на стороне русских. Но альянс оставался очень ненадежным. Калмыки жили отдельными родами, присяга одних не распространялась на других. Впрочем, и те, кто присягнул к царю, не упускали возможности при случае пограбить русских. Казаки отвечали вполне адекватно. Калмыки жаловались. Когда Москва стала склонять в подданство хана Аюку, он предъявил претензии, что «донские и яицкие казаки побивают его людей, а жен и детей забирают». Направлялись делегации «мирить» казаков с калмыками. Но степняки не прекращали хищничество, и все договоренности оставались лишь благими пожеланиями. А пример калмыков оказался заразительным для башкир. Зачем платить ясак, если можно не платить и грабить, как соседи? Они активно подключились к набегам. А потом восстали под предводительством вождя Сеита, принялись разорять русские и татарские селения, подступали к Уфе и Казани, вместе с калмыками и ногайцами прорывались за Волгу.
Царю приходилось усиливать оборону на востоке и юго-востоке. В 1663 г. на это направление перевели часть украинских казаков из-под Воронежа, из Троицкого острога. Они построили крепость Пензу и Черкасский острог.