Любопытно, что в походе самозванца не участвовали волжские казаки. Видимо, из-за отдаленности района и сложности прохода волжских казаков через Дон, Дикую степь и Речь Посполитую командиры войска самозванца сочли ненужным привлекать этих казаков.
Лишь в середине марта 1605 г. Лжедмитрий отправил гонцов на Волгу и Яик с приказанием местным казакам идти к Ливнам. Видимо, какие-то немногие волжские казаки поспели к вступлению самозванца в Москву. Яицкие же казаки проигнорировали указ Лжедмитрия, и весной 1605 г. атаман Нечай повел 500 казаков грабить Хивинское ханство. Увы, поход окончился неудачей. В начале июня еще тысяча яицких казаков захватила Ургенч, но вскоре и они были перебиты хивинским ханом.
Самозванец велел разыскать Нагих или их родственников. Нашли лишь отдаленного родственника Марии Нагой дворянина Семена Ивановича Шапкина. В Туле Отрепьев торжественно произвел Шапкина в постельничие, заявив, что «он Нагим племя». Затем Шапкин с эскортом был экстренно направлен в Горицкий монастырь «за своей матерью».
После беседы с Шапкиным с глазу на глаз инокиня Марфа признала сына. Трудно сейчас установить, что больше повлияло на ее выбор — ненависть к Годуновым или нежелание быть отравленной или утопленной по дороге. В Горицком монастыре хорошо помнили судьбу княгини Ефросиньи Старицкой и великой княгини Юлиании, жены Юрия, родного брата Ивана Грозного.
Самозванцу было неудобно являться в Москву, пока там находились члены семьи Годуновых. Будь жив царь Борис, Лжедмитрий мог рассчитывать на какие-то политические дивиденды, устроив над ним судилище и приписав ему чудовищные преступления. Однако ни царица, ни царевич не успели совершить ничего ни хорошего, ни плохого, так за что же их казнить?
Но время поджимало, и самозванцу пришлось пойти на мерзкое с точки зрения морали и глупое в политическом отношении убийство. В Москву была послана специальная карательная комиссия в составе князя В.В. Голицына, члена путивльской «воровской» думы В.М. Мосальского и дьяка Б. Сутупова. Вместе с комиссией в Москву был направлен П.Ф. Басманов.
Прибыв в столицу, комиссия немедленно начала чинить расправу над противниками самозванца. Начали с патриарха Иова. Патриарх в Успенском соборе Кремля готовился к совершению литургии, когда в храм ворвались вооруженные люди. Иова выволокли из алтаря и потащили на Лобное место. Там сторонники самозванца пытались линчевать патриарха за то, что он-де «наияснейшего царевича расстригой называет». Однако из Кремля сбежались попы и церковные служки, которые подняли крик в защиту патриарха На помощь Иову кинулась и часть горожан. Стало ясно, что убийство патриарха приведет к побоищу с непредсказуемыми последствиями. Тогда кто-то из людей Отрепьева крикнул: «Богат, богат, богат Иов патриарх, идем и разграбим имения его!» Довод был неотразим, и толпа кинулась грабить патриаршие палаты.
Тем временем люди Отрепьева отвели Иова обратно в Успенский собор. Туда прибыл вскоре и боярин П.Ф. Басманов. Вооруженные люди в спешке и без особых формальностей произвели низложение патриарха. С Иова сняли панагию и святительское платье и надели простую черную ризу. Басманов спросил, куда хотел бы Иов отправиться на монастырское житие. Тот выбрал Старицкий Успенский монастырь, где он принимал постриг и стал игуменом. Затем Иова вывели из собора, посадили на простую телегу и под конвоем отправили в Старицу.
Разобравшись с патриархом, комиссия занялась царем Федором и ею семьей. На старое подворье Бориса Годунова, полученное им в приданое от Малюты Скуратова, явились члены комиссии во главе с В.В. Голицыным и отряд стрельцов. Голицын, Мосальский, дворяне Молчанов и Шерефединов и несколько стрельцов вошли внутрь дома. Там раздались отчаянные крики. Через несколько минут на крыльцо вышел Голицын и объявил, что «царица и царевич со страстей испиша зелья и пороша, царевна же едва оживе». Естественно, что Голицыну никто из москвичей не поверил. Но утверждать, что народ оцепенел от ужаса, узнав о преступлении, и впал в безмолвие, нет никаких оснований. История — не драматический театр. Большинство населения восприняло убийство царской семьи как должное или отнеслось к нему безразлично.
Что касается дочери Годунова Ксении, то ее, видимо, недодушили. Князь Мосальский взял ее к себе в дом и некоторое время держал взаперти, а затем отдал самозванцу «для потехи».
20 июня 1605 г. по Коломенской дороге в Москву двигалась торжественная процессия. Впереди нее скакали взад и вперед польские гусары в раззолоченных шлемах и кирасах, за ними следовал большой отряд донских казаков. В Москву возвращался сын Ивана Грозного. Вокруг него ехали московские бояре. Сзади шла польская пехота и русские стрельцы. Торжественно звонил колокол. Московские улицы были забиты людьми, люди облепили крыши домов и колокольни — всем хотелось посмотреть на чудесно спасшегося царевича.