Заседания собора начались 6 декабря 1612 г., хотя к тому времени в Москву прибыли лишь немногие выборные. Ход же заседаний собора уже три столетия вызывает споры историков. Официальные царские историки описывали елейную историю, как весь собор, умиляясь, избрал на царство Михаила Романова. Любые иные версии в XIX веке грозили Сибирью. В XX веке у историков-монархистов в эмиграции не было цензуры, но они так соскучились по сусальным картинкам «ля святая Русь», что с восторгом повторяли сказки XIX века.
Что же касается «прогрессивных» историков конца XIX — начала XX века, то в основном их мало интересовали подробности собора. В своих политических интересах они выпячивали сам факт созыва собора и то, что царь Михаил обещал править, в дальнейшем опираясь на волю последующих соборов. Таким образом обосновывалась утопическая идея проведения государственных соборов в России второй половины XIX века — начала XX века.
Официальная версия событий хорошо изложена у С.М. Соловьева: «Прежде всего стали рассуждать о том, выбирать из иностранных королевских домов или своего природного русского, и порешили „литовского и шведского короля и их детей и иных немецких вер и некоторых государств иноязычных не христианской веры греческого закона на Владимирское и Московское государство не избирать, и Маринки и сына ее на государство не хотеть, потому что польского и немецкого короля видели на себе неправду и крестное преступленье и мирное нарушенье: литовский король Великий Новгород взял обманом“. Стали выбирать своих: тут начались козни, смуты и волнения; всякий хотел по своей мысли делать, всякий хотел своего, некоторые хотели и сами престола, подкупали и засылали; образовывали стороны, но ни одна из них не брала верх. Однажды, говорит хронограф, какой-то дворянин из Галича принес на собор письменное мнение, в котором говорилось, что ближе всех по родству с прежними царями был Михаил Федорович Романов, его и надобно избрать в цари. Раздались голоса недовольных: „Кто принес такую грамоту, кто, откуда?“ В то время выходит донской атаман и также подает письменное мнение: „Что это ты подал, атаман?“ — спросил его князь Дмитрий Михайлович Пожарский. „О природном царе Михаиле Федоровиче“, — отвечал атаман. Одинакое мнение, поданное дворянином и донским атаманом, решило дело: Михаил Федорович был провозглашен царем».
Как уже говорилось, наши церковные историки постарались «умертвить» Пафнутия еще в 1611 г. Но, на их беду, он был жив. Это обнаружено одним из лучших историков русской церкви профессором богословия Антоном Картуковым, который, находясь с 1919 г. в Париже, несколько десятилетий посвятил истории православной церкви и выпустил многотомный труд.
После смерти патриарха Гермогена митрополит крутицкий Пафнутий стал первым лицом в русской церковной иерархии. Он-то и руководил собором в первые месяцы. Лезть самому в патриархи ему не позволяли ни состояние здоровья, ни его прежние похождения. Естественно, Пафнутий не мог простить Пожарскому, что в июле 1612 г., будучи в Ярославле, тот пытался сделать митрополитом крутицким игумена Исайю. И Пафнутию ничего не оставалось делать, как примкнуть к своим давним покровителям — Романовым. Перед самым приездом Михаила Романова в Москву Пафнутий умер, и встретил претендента на престол уже казанский митрополит Ефрем.
Фактически в Москве и не было правомочного Земского собора. По официальной версии, 14 апреля 1613 г. собор постановил составить утвержденную грамоту об избрании царем Михаила Романова. Об этой грамоте хорошо сказал профессор Р.Г. Скрынников: «За образец дьяки взяли годуновскую грамоту. Нимало не заботясь об истине, они списывали ее целыми страницами, вкладывали в уста Михаила слова Бориса к собору, заставляли иноку Марфу Романову повторять речи иноки Александры Годуновой. Сцену народного избрания Бориса на Новодевичьем поле они воспроизвели целиком, перенеся ее под стены Ипатьевского монастыря. Обосновывая права Романовых на трон, дьяки утверждали, будто царь Федор перед кончиной завещал корону братаничу Федору Романову. Старая ложь возведена была теперь в ранг официальной доктрины»[90].
Чтобы убедиться, что избирательная грамота является фальшивкой, достаточно взглянуть на подписи под ней. Грамота помечена маем 1613 г., но в грамоте боярами названы Дмитрий Пожарский, И.Б. Черкасский, И.Н. Одоевский и Б.М. Салтыков, а между тем первые двое получили боярство 11 июля 1613 г., а двое последних — в декабре 1613 г. Формально грамоту подписали представители от 50 городов и уездов, многие города подписаны одним человеком, хорошо еще, если дворянином, а то и посадским человеком. Кузьма Минин — исключение в XVII веке, в то время ни один город не послал бы от себя выбирать царя одного посадского человека.