Осенью 1613 г. из Москвы на Новгород, где еще в 1611 г. обосновались шведы, вышло войско под командованием князя Д.Т. Трубецкого. В войске насчитывалось 1045 казаков. На несколько месяцев московское войско задержалось в Торжке, и там в него влилось еще несколько казачьих отрядов, в том числе и участника освобождения Москвы атамана подмосковного полка Трубецкого Макара Козлова. В октябре 1614 г. Козлова обвинят в том, что его отряд, направляясь на службу к Трубецкому, по дороге грабил села царицы-инокини Марфы и боярина Ф.И. Мстиславского, а еще в том, что казаки ограбили игумена Кирилло-Белозерского монастыря Матвея. Об этом случае подробно рассказали монахи в 1621 г. игумен Матвей ехал в Москву с «чудотворной иконой». Его сопровождало несколько монастырских слуг. Между Переяславлем и Троице-Сергиевым монастырем, на реке Дубне, монастырский обоз был остановлен казаками. Монастырские слуги попытались защитить игумена, но были «переранены». Казаки хорошо поживились: они сняли с Матвея роскошную соболью шубу, а также забрали 46 коней, «суды», «всякий запас» и «наличными» 211 рублей и 26 алтын.
Добыть «корма» для казаков Трубецкому удавалось с большим трудом. Так, сборщики Г. Резубов и М. Епишев, присланные Трубецким в Городецк, взяли там две подводы Спасского Нового монастыря, но были осаждены на своем дворе монастырскими слугами и крестьянами, а также крестьянами из «многих боярщин».
Дворяне и казаки из войска Трубецкого часто конфликтовали между собой: «Бяше же у них в рати настроение великое и грабеж от казаков и ото всяких людей». В Тверском уезде в 1613–1614 гг. «казаки беспрестанно… ходили войною и дворян и детей боярских, и их людей, и крестьян до смерти побивали, жгли и мучили». В 1615 г. посадские люди из Твери писали в челобитной, что они «от Литвы, и от немец, и от русских воров от казаков… разорены до основанья». А когда сборщики в том же году приехали в Тверской уезд за оброчными деньгами, то увидели, что крестьяне «разбрелися розно от казачья разоренья».
Казаки из войска Трубецкого по «подговору» посадских людей Твери разграбили тверское поместье князя Б.В. Касаткина-Ростовского. Во время поездки из Торжка в Тверь сын боярский Г. Ржевский попал в казачий отряд «неволею».
На помощь Трубецкому для захвата Новгорода в сентябре 1613 г. был направлен под Старую Руссу Андрей Федорович Палицын (дальний родственник троицкого келаря Авраамия Палицына) с отрядом новгородских дворян и четырьмя казачьими станицами атаманов Ивана Балаша, Бессонна Гаврилова, Андрея Звенигородца и Мурзы Елисеева. Сам Палицын служил в Тушине у Лжедмитрия II, затем — воеводой в подмосковных ополчениях, так что, видимо, был старым предводителем казаков. К началу 1614 г. у Палицына, по свидетельству новгородца Н. Калитина, было 2500 человек.
Из атаманов отряда Палицына наибольшую известность получил Иван Балаш. В конце апреля или в начале мая 1612 г. он во главе отряда малороссийских и русских казаков пытался захватить Тверь, вставшую на сторону Второго ополчения, дрался с тверским воеводой И.П. Турским, а затем угнал пасшийся недалеко табун лошадей тверских дворян. В 1613 г. атаман разорил ржевское поместье И. Благого.
В сентябре 1613 г. несколько сот малороссийских казаков, — по моему мнению, это были запорожцы, состоявшие на шведской службе, — вышли из повиновения шведского командующего Делагарди из-за невыплаты жалованья. Командовавшие ими полковники Барышполец и Сидор Острожский двинулись в Белозерский уезд.
В январе 1614 г. в Белозерск «с царским жалованным словом к черкасам» выехали войсковые есаулы Герасим Обухов и Важен Борисов, а также тридцать рядовых казаков. Видимо, их целью было привлечение «черкас» на царскую службу, чего запорожцы и сами хотели. Так, в феврале 1614 г. С. Острожский со своим полком стоял на Олонце, ожидая царской грамоты и желая «служить государю». Но ко времени прибытия Обухова и Борисова в Белозерск царские войска уже вели бои с «черкасами». 4 февраля 1614 г. на Олонце казаки разгромили отряд запорожцев.
Между прочим, из Москвы в Тихвин поступил приказ, чтобы казаки шли оттуда на соединение с Трубецким, но у казаков было иное мнение. Они было собрались идти в Астрахань к Заруцкому, но в середине 1614 г. узнали о пленении Заруцкого, Марины и «воренка» и остались на месте.
Тем не менее воевода Андрей Трусов не пожелал ехать в Москву лицезреть нового царя, а вместе с атаманом Никитой Мамаевым и большим отрядом казаков отправился в Заонежье «за зипунами». Голова Угрим Лупандин, приехав во второй половине февраля 1614 г. на реку Пашу, где должны были стоять казаки, никого там не застал: «Атаманы и казаки пошли… врознь в Заонежские погосты». В дозорной книге Олонецкого погоста 1616–1617 гг. говорится, что «немецкие и литовские люди и казаки многих крестьян з женами и з детьми побили, и дворы их сожгли, и животы поймали без остатку, а которые крестьяне после войны остались, и те обнищали».