В начале Второй мировой войны П.Х. Попов возглавил созданный в Протекторате Чехия и Богемия «Всеказачий союз». Несколько позднее, «…когда немцы в своих интересах решили из всех народностей бывшей Российской империи формировать особые части, то его вызвали в Берлин, где ему предложили приступить к формированию казачьих частей в составе немецкой армии, в немецкой форме, с немецким командным составом и под немецкими знаменами, П.Х. Попов категорически отказался, за что был арестован и пробыл какое-то время в тюрьме…»
После освобождения П.Х. Попов вернулся в г. Прагу и до конца 1942 года возглавлял «Всеказачий союз», деятельность которого, не получая поддержки германских оккупационных властей, постепенно свернулась.
После Второй мировой войны, проживая в США, П.Х. Попов, учитывая большой приток казаков из стран Европы, а несколько позднее и из стран Южной Америки, пытался, но неудачно в основном из-за отсутствия необходимых средств создать Донское зарубежное правительство; публиковался в ряде изданий казачьего зарубежья, в том числе и под псевдонимами; подготовил две рукописи – «Дон в изгнании» и «Борьба за свободу Дона», отрывки, из которых были опубликованы в 50-е годы в журнале № 3 «Огни сторожевые» (США).
К сожалению, обе рукописи и собранный П.Х. Поповым большой архив после его смерти якобы были уничтожены администрацией старческого (американского) дома в г. Нью-Йорке (США), где долгие годы жил П.Х. Попов. Правда, есть и другая информация – рукописи и архив атамана оказались у его племянника протоиерея Петра Попова, а после его смерти перешли в руки его знакомого, проживавшего в США грека, выходца из России.