Большая часть службы Бакланова прошла на Кавказе. В 1834–1837 годах он служил на Лабинской линии, а с 1845-го по 1855 год на левом фланге Кавказской линии. Здесь Я.П. Бакланов обучил воевать в новых условиях поочередно два полка № 20 и № 17. Эти полки стали лучшими на Кавказе. В 1848 году Я.П. Бакланов был произведен в подполковники и через год награжден золотой саблей с надписью «За храбрость», а в 1850 году уже получил чин полковника и через два года – генерал-майора. О храбрости и лихости Бакланова ходили легенды. Он лично водил казачьи полки в атаки, участвовал в засадах, строительстве дорог и мостов. 3 апреля 1860 года Яков Петрович был произведен в генерал-лейтенанты. Горцы считали, что он заколдован и во всех делах ему помогает нечистая сила. Бакланов сам постоянно поддерживал у них это убеждение.
Во время войны с польскими конфедератами Яков Петрович Бакланов с 7 июня 1863 года был командирован в г. Вильно, где в штабе военного округа командовал казачьим отделом. На этой должности генерал-майор Бакланов показал себя суровым, но справедливым начальником, прекрасным администратором.
Я.П. Бакланов стал одним из последних легендарных донских героев, о которых на Дону слагали песни, который стал предметом поклонения еще при жизни.
18 октября 1873 года Яков Петрович Бакланов скончался. Один из признанных знатоков войны на Кавказе, Потто, так писал об известном казачьем генерале: «Кто не знает, с каким чувством вспоминается имя знаменитого кавказского героя на Дону, где даже дети в играх своих стараются во многом и теперь подражать Бакланову! Мир праху храброго и доблестного воина. С гордостью будет произноситься это славное имя каждым донским казаком…»
В 1859 году Шамиль был окружен и сдался русским войскам.
За годы Кавказской войны казаки понесли потери, сопоставимые с потерями в Отечественной войне 1812 года. Особенно пострадали донские полки, которые из-за чуждого климата теряли на Кавказе и в Грузии более трети состава умершими от болезней, в то время как боевые потери были невелики.
ХIХ век лег тяжелым бременем на донское казачество. Помимо участия в непрекращающихся войнах казаки должны были нести пограничную службу, прикрывая всю европейскую часть России. Каждый год несколько казачьих полков уходило в Закавказье, прикрывать границу с Турцией и Персией, несколько – в Бессарабию, несколько – в Польшу, ставшую Царством Польским в составе России, прикрывать границу с Австрией и Германией, несколько в Финляндию. Помимо этого полк или два посылались во внутренние губернии России. Отстояв на рубежах 3–4 года, полки возвращались на родину, оставив многих своих товарищей в могилах на берегах пограничных рек, в горах, в степях и в снегах по всему протяжению границы великой империи, а на смену им шли новые полки.
Крымская война вскрыла техническую отсталость царской России. Однако донские казаки и в этой войне проявили свои прекрасные боевые качества.
По всему Войску была проведена всеобщая мобилизация. 38-й и 48-й донские казачьи полки сражались с турками на Дунае при Ольтенице. 1-й, 9-й, 22-й и 40-й полки участвовали в осаде Силистрии.
Решающие бои развернулись на Крымском полуострове. 57-й и 65-й донские полки участвовали в кровопролитном сражении на реке Альме. 13 октября 1854 года под Балаклавой казаки приняли участие в разгроме лучшей английской кавалерии.
349 дней длилась героическая оборона Севастополя. В состав севастопольского гарнизона входили казаки 67-го Донского полка полковника Маркова. 55-летний казак-доброволец Осип Зубов сражался на 3-м бастионе Севастопольской крепости вместе со знаменитым матросом Петром Кошкой.
Стремясь прикрыть от вражеской высадки Приазовье и район Таганрога, русское командование сформировало на Дону 13 полков и разместило их вдоль побережья. Враг несколько раз подходил к побережью, но его попытки высадиться все время отбивались.