По желанию королевы Малькольм созвал высшее духовенство своей страны. Маргарита обладала широкими познаниями в области теологии, чего никак нельзя сказать о ее супруге, поэтому Малькольм доверил ей руководство столь представительным собранием и удовольствовался ролью переводчика, так как хорошо говорил по-английски, а его жена так и не смогла выучить гэльский. На собрании обсуждались разнообразные нарушения. Субботний день осквернялся мирской работой. Нарушения законов о браке носили вопиющий характер: мужчины женились на вдовах своих отцов и братьев. Срок Великого Поста сократился из-за того, что входящие в него воскресные дни (не относящиеся к Посту) причислялись к сорока дням. Общераспространенным стало пренебрежение обязательным пасхальным причащением верующих. Очевидно, последний вопрос вызвал некоторые споры: шотландские епископы утверждали, что в данном случае это нарушение вызвано смирением, а не пренебрежительным отношением, но Маргарита возразила, что кающийся грешник имеет и необходимость, и право приблизиться к Богу и что таинства открыты для всех, кто приходит в церковь с почтением и раскаянием. Тюрго сообщает, что они также обсуждали некоторые странные обычаи проведения обедни; к сожалению, нам неизвестно, о чем идет речь. Предполагалось, что обедня служилась на гэльском языке, а не на латыни, однако различие в языке вряд ли можно назвать «обычаем»; более того, богослужения на родном языке не были необычным явлением и в некоторых других странах. Мы знаем, что существовали некоторые своеобразные ритуалы – что священник, отправляющий службу, после освящения трижды отступал на три шага назад, каждый раз простираясь перед гостией, и что преломленные куски гостии выкладывались в искусные символические рисунки. Возможно, Маргарите не понравились именно эти обряды. Можно было бы ожидать, учитывая ее клюнийское воспитание, что королева будет протестовать против продажи бенефиций и вступления священников в брак, на который наложил запрет Григорий VII через несколько лет после того, как она приехала в Шотландию. Однако до нас не дошло никаких сведений о подобных протестах с ее стороны.
На протяжении почти всей последней трети долгого правления Малькольма – по крайней мере, в течение 12 лет начиная с 1079 г. – Шотландское королевство не испытывало тягот внешних или внутренних войн. Малькольм установил на родине твердое правление и сохранял мир, который он заключил с Вильгельмом Завоевателем. Тем временем английский государь состарился, и все говорило о том, что после его смерти корона перейдет не к его старшему сыну Роберту, другу Малькольма, а к другому сыну Вильгельма, вспыльчивому и сварливому человеку, который обещал стать очень беспокойным соседом. Скорее всего, предвидя возможность будущих трений, Малькольм начал переговоры, о заключении брака своей старшей дочери с герцогом Аланом Бретонским, чтобы заручиться поддержкой Бретани и Нормандии (герцогом которой должен был стать его друг Роберт) в случае войны с Англией.
В 1087 г. Вильгельм Завоеватель погиб ужасной смертью и оставил трех своих сыновей в пылу жестокой ссоры, которая тут же переросла в войну. Королем Англии стал Вильгельм II, но в 1091 г. братья заключили мир и в рамках этого договора изгнали несчастного Эдгара, уже давно спокойно жившего в Нормандии. Как обычно, он прибыл к своему шурину. Малькольм сам имел повод для недовольства Вильгельмом II, который, по-видимому, отозвал дарованные его отцом английские имения. Он набрал армию и напал на Англию. Роберт и Вильгельм II предприняли ответное нападение, причем их войско несло тяжелые потери из-за плохой погоды. Малькольм двинулся им навстречу, но Роберт и Эдгар начали переговоры и задумали принудить двух королей заключить мир и возобновить договор, заключенный некогда в Абернети. Позднее английские хронисты утверждали, что Малькольм, «охваченный ужасом», принес Вильгельму II оммаж за свое королевство. Хронисты же того времени отмечают лишь то, что Малькольм «стал человеком Вильгельма, подчинившись ему в том же, что прежде дал ему отец Вильгельма» (Williames man weano to eall swilce gehyrsumnisse swa he r his fder dyde), то есть ему были возвращены владения в Англии и он принес за них оммаж. Жалобы Эдгара также было обещано удовлетворить, и он поехал на юг в качестве гостя Вильгельма II… а через несколько недель Вильгельм II нарушил столько обещаний, что Эдгар и Роберт в негодовании покинули его двор.