Судя по воспоминаниям ученого, его родной дом не был местом, способствующим становлению, развитию и образованию. Кеплер сделал так много лишь благодаря своему исключительному уму. Он был не только одаренным астрономом, но и невероятно образованным человеком, которого интересовало множество религиозных, философских, литературных и научных вопросов. Никто не ожидал, что жизнь Кеплера будет такой долгой и плодотворной, что он заслужит вечное восхищение, а не умрет в детстве, как некоторые его родственники.
Противостояние между папистами и представителями аугсбургской конфессии было кровопролитным, иррациональным и безрезультатным, поскольку обе стороны верили практически в одно и то же. Представители обеих конфессий считали, что залог будущего – хорошее образование детей и юношества, поэтому и лютеране герцоги Вюртембергские, и иезуиты заботились о строительстве школ с высоким уровнем преподавания. Родители маленького Иоганна обосновались в Леонберге, и он некоторое время ходил в местную школу, ученики которой обязаны были говорить между собой на латыни. Образование мальчика было бессистемным, потому что семейство Кеплеров несколько раз переезжало, а кроме того, занятия приходилось прерывать на период сельскохозяйственных работ, однако именно школе в Леонберге Иоганн обязан знанием латыни, на которой он вел переписку с самыми выдающимися учеными того времени и писал свои великолепные произведения.
В детские годы Кеплера ничто не указывало на его математические способности, во всяком случае, сам он нигде не пишет о своей ранней склонности к геометрии. Однако ученый приводит несколько воспоминаний о родителях, и, возможно, в этих случаях и следует искать истоки его научных интересов. Однажды мать отвела его на холм, чтобы Иоганн увидел комету, а как-то раз вместе с отцом он наблюдал лунное затмение, и его поразил ярко-алый цвет Луны.