Сообщения о намерениях Японии, полученные Сталиным от Зорге и Пятого Управления, позволили ему перевести на Запад половину войск Дальневосточного округа. В течение октября — ноября от 8 до 10 стрелковых дивизий вместе с тысячей танков и тысячей самолетов были брошены на германский фронт. Они прибыли туда в наиболее критический момент. 2 октября Гитлер начал наступление на Москву, известное под кодовым названием «Операция Тайфун», которую он назвал «последней решающей битвой войны». Через два дня, выступая перед возбужденной толпой в берлинском «Спортпаласе», он заявил: «Враг разгромлен, и ему уже не удастся собраться с силами!» Но Москва не пала. Защита Советского государства стала священной войной за Родину-мать. Сталин превратился в символ национального единства в борьбе против коварного захватчика. Хотя государственные учреждения и иностранные представительства были в середине октября эвакуированы на Волгу — в Куйбышев, Сталин оставался в Кремле. «Сталин с нами!» — было постоянным лозунгом защитников Москвы. Сурков в своей «Клятве воина» очень точно отразил настроение народа:
«Я знаю…: борьба будет кровавая, трудная… но победа будет за мной. Слезы женщин и детей кипят в моем сердце. За эти слезы своей волчьей кровью ответят мне убийца Гитлер и его орды…[2]
Защитники Москвы и Ленинграда и предположить не могли, что главной целью Сталина в октябре 1941 года было не руководство Красной Армией в героическом сопротивлении, а поиск с помощью НКВД путей заключить мир с Гитлером.
7 октября Георгия Жукова, самого выдающегося военачальника в Красной Армии, вызвали в кабинет Сталина в Кремле. В кабинете были только Сталин и Берия. Оба считали, что Красная Армия терпит поражение. К тому времени Берия снова непосредственно владел всей империей разведки и службы безопасности, которую он унаследовал от Ежова. В июле 1941 года НКГБ был вновь поглощен НКВД и в качестве независимой организации возродился лишь в апреле 1943 года. Война упрочила позиции Берии как руководителя службы безопасности, облеченного наибольшей властью за всю историю страны — он стал одним из пяти членов созданного после гитлеровского нападения Государственного комитета обороны, в который входили также Сталин, Молотов, Ворошилов и Маленков.
Берия не произнес ни слова, когда Сталин говорил Жукову, что Красная Армия не имеет достаточно сил, чтобы противостоять наступлению немцев на Москву. Настало время последовать ленинскому примеру, который в марте 1918 года, не видя иного выхода, подписал с Германией позорный брест-литовский мир. Обратившись к Берии, Сталин поручил ему найти пути заключения нового «Брестского мира» с Германией, пусть даже ценой прибалтийских республик, Белоруссии, Молдавии и части Украины. Отобранные Берией агенты НКВД обратились к послу Болгарии в Москве Стотенову быть посредником. Стотенов согласился, но все его попытки были отвергнуты немцами.
Даже когда судьба Москвы висела на волоске, Берия продолжал чистку руководящих военных кадров. В ночь с 15 на 16 октября центральный аппарат НКВД был эвакуирован в Куйбышев. Вместе с ним были эвакуированы и высокопоставленные руководители, которых в то время допрашивали на Лубянке. Триста других заключенных, для которых не нашлось транспорта, просто расстреляли. Допросы оставшихся продолжались в Куйбышеве. После ареста в 1953 году Берия признался: «Допрашиваемых безжалостно избивали. Это была настоящая мясорубка.» Все, за исключением генерала А.Д. Локтионова, который героически выдержал все пытки, признались в вымышленных преступлениях, которые НКВД им инкриминировал. Как писал советский военный историк генерал-лейтенант Николай Павленко, «сотни высокопоставленных военных специалистов ждали в застенках своей смерти, а на фронтах в это время лейтенанты командовали полками.» Некоторые военачальники из числа перевезенных в Куйбышев были расстреляны 28 октября. Затем Сталин вдруг распорядился прекратить расследования, которые вел Берия. Двое самых старших по званию и должности из арестованных военачальников — генерал К.А. Мерецков, бывший начальник Генерального Штаба, и генерал Б.Л. Ванников, бывший нарком боеприпасов, — оказались среди освобожденных и реабилитированных, несмотря на то, что признали себя виновными в вымышленных преступлениях.