Как и в других странах Восточной Европы, коммунисты практически с самого начала контролировали Министерство внутренних дел, а также полицию и полицию безопасности (государственная безопасность — ГБ), которые находились в подчинении министерства. Поскольку в Чехословакии советские оккупационные силы не стояли, роль этих организаций была еще значительнее, чем в Венгрии. По настоянию президента Бенеша во главе Управления Z Министерства внутренних дел, которому подчинялась ГБ, поставили социал-демократа Йозефа Бартика. Работавшие в ГБ коммунисты с помощью бывшего сотрудника гестапо сфабриковали против Бартика обвинение в сотрудничестве с оккупантами и вынудили его к отставке. Бывшего заместителя и преемника Бартика Бедржиха Покорного сместили после того, как он использовал подложные документы для дискредитации генерального секретаря Национал-социалистической партии (несмотря на сходство в названии не путать с нацистской партией). Коммунисты посадили на это место подставного беспартийного генерала Франтишека Янда, при котором все руководство Управлением Z осуществлял его заместитель коммунист Индржих Веселый.
Деятельностью ГБ управляли два советника НКГБ/МГБ, известные под именами Тихонов и «Хазянов», имевшие множество чехословацких агентов. Под псевдонимом Тихонов скрывался резидент НКВД/НКГБ времен войны в Англии Иван Чичаев. Чешский историк Карел Каплан, изучив в конце 60-х годов партийные и государственные архивы, пришел к выводу, что сеть советских агентов в коммунистической партии была «весьма многочисленна». В эту сеть входили Штепан Плачек, возглавлявший Управление безопасности провинций (1945—1947 г.г.), а затем внутреннюю разведку (1947—1948 г.г.); Бедржих Рейцин, шеф военной разведки, и Карел Шваб, заведующий отделом учета Центрального Комитета партии, которые собирали информацию о других партиях и церкви. Среди агентов НКГБ/МГБ в других партиях были Ян Шевчик в демократической партии и Войтех Ербан в социал-демократической партии.
К зиме 1947—48 года ГБ и советские советники стали испытывать серьезную обеспокоенность снижением поддержки коммунистической партии. В январе 1948 года Пражский институт общественного мнения предсказал, что на весенних выборах коммунисты наберут не более 28 процентов голосов. Отлучение в 1947 году от власти двух наиболее сильных коммунистических партий Запада — во Франции и в Италии — усилило дурные предчувствия чехословацкого партийного руководства. Чичаев и «Хазянов» сообщили Плачеку — автору тревожного доклада о возможной подготовке некоммунистических партий к перевороту, — что доклад одобрен лично Сталиным. Московский центр приказал Плачеку и другим своим агентам подготовить списки ведущих оппонентов коммунистической партии с тем, чтобы «обезглавить реакцию». Одновременно ГБ стало обвинять партийное руководство в том, что оно «нянчится с реакцией», и потребовало ускорения перехода к народной демократии.
Под предлогом обеспечения личной безопасности членов правительства, ко всем министрам прикрепили телохранителей, истинной задачей которых было шпионить за подопечными. Один министр жаловался. в январе 1948 года, что офицеры ГБ «в любой момент обыскивают столы, проверяют, где стоят телефоны в квартире, с кем мы говорим по телефону, с кем вообще знакомы и т.д.» Управление F, нелегальное подразделение ГБ, которое возглавлял Карел Шваб, специализировалось на сборе компрометирующих материалов на некоммунистических политических деятелей и засылкой агентов в национал-социалистическую и народную партии. В управлении имелся небольшой отдел, известный как комиссия RR, который организовывал провокации — от выкрикивания подрывных лозунгов на демонстрациях некоммунистических партий, за что демонстрации разгонялись, до фабрикации «антигосударственных заговоров» в Словакии. Карел Каплан на основе изучения секретных чехословацких архивов делает вывод, что советники из МГБ Чичаев и «Хазянов» играли «все возрастающую руководящую роль» как в управлении F, так и в отделе RR.
Председатель коммунистической партии (а с июля 1946 года — премьер-министр) Клемент Готвальд не верил паникерским докладам ГБ о готовящемся другими политическими партиями вооруженном перевороте. Не верили этому и большинство других руководителей партии. Однако они были убеждены, что противник пытается отстранить их от власти, и считали необходимым нанести упреждающий удар. В начале 1948 года министр юстиции от национал-социалистов Прокоп Дртина возглавил неудавшуюся попытку некоммунистических министров создать комиссию по расследованию нарушения законности органами ГБ. 19 февраля советский заместитель министра иностранных дел В.А. Зорин, до недавнего времени посол в Чехословакии, прибыл в Прагу, чтобы убедить Готвальда покончить с некоммунистической оппозицией. Готвальд согласился, но отверг настойчивые советы Зорина попросить советского военного содействия (как утверждает Каплан, это был «единственный случай за всю его жизнь», когда он не выполнил советские инструкции).