Еврейский антифашистский комитет, созданный в годы войны для того, чтобы мобилизовать еврейские силы на борьбу с фашизмом, получил приказ скандировать «Нет! Никогда и ни при каких обстоятельствах не поменяют советские евреи свою социалистическую Родину на другую». Митинг быстро разогнали. По словам Хрущева, руководителя комитета Соломона Михайловича Михоэлса агенты МГБ толкнули под колеса грузовика. Он погиб. Зимой 1948—49 года, в Москве и других городах были закрыты еврейские государственные театры, а писатели, работавшие на идиш, практически все были арестованы. Даже жена Молотова, Жемчужина, была арестована и попала в ссылку в 1949 году. По словам Хрущева, Сталин «взорвался», когда Молотов воздержался во время голосования по вопросу о выводе своей жены из состава аппарата Центрального Комитета. И хотя Молотов остался членом Политбюро, министром иностранных дел он больше не был.
В течение почти года, несмотря на нападки на сионизм внутри страны, Советский Союз продолжал поддерживать Израиль на международной арене. Но свидетельства того, что Израиль укрепляет связи с Западом и, прежде всего, с Соединенными Штатами, убедили Кремль перейти к поддержке арабских противников Израиля. С тех пор сионизм официально рассматривался как часть широкомасштабного империалистического заговора с целью подрыва единства социалистического лагеря руками живущих в нем евреев. Вера в угрозу сионизма выявила у Сталина затаенный антисемитизм, который и раньше не был так уж глубоко запрятан. В своих устных и письменных выступлениях Сталин избегал антисемитских заявлений, но в кругу своего льстивого окружения он издевался над еврейской манерой говорить и прочим. Хрущев вспоминал, что сказал ему однажды Сталин после того, как представители МГБ и партийные лидеры сообщили о недовольстве на авиастроительном заводе: «Передовым рабочим на заводе надо раздать дубинки, чтобы после рабочего дня они могли задать чертей этим евреям!» Провозглашение новой антисионистской политики сначала вызвало трудности в Центре. Когда полковник Отращенко объявил на встрече с работниками Управления по Ближнему и Дальнему Востоку КИ, что сионизм идет в ногу с империализмом, некоторые офицеры не поняли, как можно сопоставлять эти два понятия. Илья Джирквелов, перебежчик из КГБ, рассказывал, что они быстро сориентировались: «Было достаточно ясно, что это новое слово, оканчивающееся на „-изм“, не рифмовалось с марксизмом-ленинизмом. Таким образом, оно подпадало в один разряд с троцкизмом, и мы все поняли, что это плохо.»
Первое крупное наступление МГБ за пределами страны на сионистский заговор началось в Чехословакии. Владимир Боярский, старший советник МГБ в Праге начиная с лета 1950 года, получил свободу рук со стороны руководства Компартии Чехословакии в деле разоблачения «сионистского заговора». «Основным нашим врагом, — говорил он, — является международный сионизм, у которого в распоряжении имеется самая развитая шпионская сеть.» Первой значительной жертвой антисемитской охоты на ведьм, затеянной Боярским, стал первый секретарь областного комитета партии Брно, еврей Отто Шлинг, которого забрали в октябре 1950 года. Зимой 1950—51 года продолжались многочисленные аресты членов партии. В феврале 1951 года скорее всего по подсказке Боярского антисемит Андрей Кепперт был назначен директором управления СТБ по разоблачению врагов государства; он тут же создал специальный отдел по сионизму. Кепперт часто говорил своим коллегам, что людей, у которых нос крючком, он либо сразу брал на карандаш, либо сажал.
Боярский упорно утверждал, что за сионистским сговором должна была стоять более мощная фигура, чем Шлинг. К лету 1951 года его выбор пришелся на Генерального секретаря компартии Чехословакии Рудольфа Сланского, как на главного заговорщика, хотя на самом деле тот был убежденным сталинистом. По словам подполковника Богумила Доубека, начальника отдела расследований СТБ, Боярский и советники из МГБ подчеркивали «растущее влияние иудаизма на международной политической арене; они приводили в пример Рокфеллера, Ротшильда и других, связывая их имена с деятельностью Сланского, движимого евреями». В июне 1951 года Доубек и его помощник составили полный отчет по шпионажу и подрывной деятельности со стороны «еврейских буржуазных националистов», назвав Сланского и Бедржиха Геминдера, главу международного управления секретариата партии, как зачинщиков. После того, как Боярский и советники МГБ внесли свои поправки, отчет был направлен президенту Готвальду и министру безопасности Ладиславу Копржива.