Официально об аресте Берии было объявлено 10 июля. Хрущев, возглавивший переворот, стал теперь главным в руководстве, которое все еще официально именовалось коллегиальным. В сентябре он занял пост Первого секретаря ЦК партии. 24 декабря было объявлено, что Берию и шесть его подручных (среди них Меркулов, бывший начальник НКГБ, и Деканозов, бывший начальник ИНУ) Верховный суд признал виновными в заговоре с целью «возрождения капитализма и реставрации власти буржуазии». Самое страшное преступление Берии — ответственность за массовые убийства — не могло быть упомянуто из опасения, что это дискредитирует режим. В сообщении о казни вскользь упоминались преступления, «свидетельствующие о его моральном падении». На закрытом процессе над Берией Верховному суду сообщили, что у одного из охранников Берии был обнаружен клочок бумаги с именами и телефонами четырех из сотен женщин, которых затаскивали к нему домой во Вспольном переулке, где он их насиловал. Среди этих жертв была шестнадцатилетняя девочка.
Самым выдающимся из всех предъявленных Берии обвинений было сотрудничество с британской разведкой. Единственным свидетельством его связи с английской разведкой, представленным на суде, было досье из его личного архива, из которого якобы явствовало, что во время Гражданской войны, в 1919 году, он работал на контрразведку националистического мусаватисткого режима в Баку, то есть в то время, когда этот регион контролировали англичане. Один из следователей по делу Берии признал впоследствии, что в том досье ничего не говорилось «ни о заданиях, которые давали Берии, ни о том, как он их выполнял». Однако в официальном сообщении о суде над Берией отмечалось, что с 1919 года «и до самого ареста Берия не прерывал и расширял свои тайные связи с иностранной разведкой». Таким образом, вслед за Ягодой и Ежовым, которых казнили в тридцатых годах, Берия стал третьим руководителем КГБ, казненным за преступления, среди которых было и обвинение в работе на английскую разведку.