Круглов родился в 1907 году в Тверской губернии в семье рабочего-молотобойца. В четырнадцать лет нанялся пастухом, всего полтора года проучился в школе. В семнадцать лет его взяли секретарем Никифоровского сельского совета, потом сделали председателем сельсовета. Там же, в селе Никифоровка, он еще и заведовал избой-читальней. Три года был ремонтным рабочим и слесарем в совхозе «Вахново», потом его взяли членом правления в потребительское общество «Созвездие». Здесь его и приняли в партию.
В конце 1929-го Круглова призвали в армию. Прослужил он всего год, командовал отделением, потом его назначили автомехаником в танковом полку. Специальность, полученная в армии, пригодилась. Демобилизовавшись, он работал инструктором-механиком в учебно-опытном зерносовхозе в Кустанайской области. Сергей Круглов — первый после Менжинского глава ведомства, получивший полноценное образование. Значит, хотел учиться и был не без способностей.
В ноябре 1931 года его зачислили в Индустриально-педагогический институт имени Карла Либкнехта в Москве. Активный студент сначала стал секретарем партячейки факультета, а потом секретарем парткома всего института. Правда, едва ли это помогало ему учиться. Но во всяком случае, его заметили и в марте 1934 года зачислили слушателем особого японского сектора Института востоковедения, где он проучился чуть больше года. И наконец, он попал в такое солидное учебное заведение, как Институт красной профессуры.
Из него вполне мог получиться профессиональный преподаватель. Но в партийном аппарате образовалось так много вакансий, что доучиться ему не дали: в 1937 году взяли в аппарат ЦК — ответственным организатором отдела руководящих партийных кадров ЦК ВКП(б). А через год перевели в НКВД — вместе с целой группой партийных работников — в помощь новому наркому Лаврентию Павловичу Берии.
20 декабря 1938 года, в день, когда чекисты отмечают свой профессиональный праздник, Сергей Никифорович Круглов был назначен особоуполномоченным НКВД СССР, ответственным за расследование дел сотрудников аппарата наркомата, совершивших проступки.