В состав Главного управления по делам военнопленных и интернированных министерства внутренних дел входило и оперативное Управление. Его возглавлял бывший резидент советской военной Разведки в Берлине, комиссар госбезопасности третьего ранга (затем генерал-лейтенант) Амаяк Захарович Кобулов.
В 1945-м и в начале 1946 года оперативный аппарат в лагерях занимался попавшими в плен жандармами, полицейскими, сотрудниками японской разведки. Задача состояла не столько в том, чтобы наказать их как военных преступников, сколько в том, чтобы выяснить, была ли у японцев агентура на территории Советского Союза.
Быстро удалось установить, что никакими успехами в проникновении в советские тайны японская разведка похвастаться не могла, поэтому оперативники Кобулова через два с половиной года после окончания войны получили новое указание: создавать среди пленных свою агентуру.
Бывших офицеров немецкой и японской армии, которые стали в лагерях осведомителями НКВД, старались завербовать, чтобы они работали на советскую разведку после возвращения на родину. Офицеры, готовые на все, лишь бы выжить и вернуться на родину, соглашались.
В конце 50-х годов резидентуры советской разведки в ФРГ и Японии получили указание встретиться с несколькими десятками из них. Выбрали самых перспективных. Результаты были плачевными. Одни вовсе отказались встречаться. Другие обращались к полиции. Шантажировать их данным в советском лагере обязательством работать на НКВД было уже бессмысленно.
По случаю победы в войне объявили амнистию. Указом от 7 июля 1945 года отпустили 300 тысяч заключенных. С 1947 года в лагерях начались некоторые послабления: разрешили получать продуктовые посылки, за хорошую работу стали освобождать досрочно. Но одновременно под личным руководством Сталина ужесточалось уголовное законодательство, в результате число осужденных росло. Работы для них было много.
ГУЛАГ продолжал расширяться.
Как это происходило? Правительство, например, принимало решение о мерах по оказанию помощи слюдяной промышленности, и тут же создавалось Главное управление по добыче и переработке слюды — Главслюда МВД. Или принималось постановление об увеличении добычи и производства асбеста, и тотчас же организуется Главное управление исправительно-трудовых лагерей асбестовой промышленности — Главасбест МВД.
Постановление правительства о развитии геологоразведочных работ сопровождалось директивой о создании Геологического управления МВД СССР.
В январе 1948 года министр госбезопасности Абакумов и министр внутренних дел Круглов представили Сталину план организации тюрем и лагерей для содержания особо опасных государственных преступников в общей сложности на 100 тысяч человек. Тех, у кого срок заключения заканчивался, решили не освобождать, а отправлять в ссылку в Сибирь и Казахстан.
Министерство государственной безопасности работало с полным напряжением сил: готовились большие процессы, массовые посадки, мест за колючей проволокой могло не хватить…
1 февраля 1948 года появилось постановление Совета министров о строительстве лагерей на 180 тысяч человек. Оказалось недостаточно.
21 февраля Совет министров принял постановление «Об организации лагерей и тюрем для содержания особо опасных категорий преступников». Особо опасными считались шпионы, диверсанты, националисты, белоэмигранты, троцкисты, меньшевики, анархисты, эсеры, а также бывшие военнопленные и гражданские репатрианты.
5 марта 1950 года Круглов написал докладную Сталину с просьбой увеличить емкость лагерей до 250 тысяч человек. Особые лагеря Круглов создавал в Коми АССР, в Воркуте, в районе Норильска, в Мордовии, рядом с Карагандой, в Кемеровской и Павлодарской областях и на Колыме. Особые тюрьмы по приказу Круглова строились во Владимире, в Иркутской области и в Верхнеуральске.
Обычные исправительно-трудовые лагеря предназначались для осужденных по уголовным статьям. Политические сидели в особых лагерях, использовались преимущественно на тяжелых работах. Здесь вместо деревянных заборов была колючая проволока. Заключенные носили номера на спинах. На окнах бараков решетки. Двери бараков на ночь запирались.
В 1954 году особые лагеря МВД были преобразованы в исправительно-трудовые, с одежды заключенных сняли номера, а при обращении к сотрудникам лагерной администрации они могли называть свою фамилию, а не номер, как это описано у Солженицына в «Одном дне Ивана Денисовича».
В 1949 году Круглов получил орден Ленина за участие в создании ядерного оружия. Ему подчинялось Девятое управление МВД, которое занималось атомными делами. Его заместитель Артемий Завенягин был полностью занят атомным проектом.
На XIX съезде партии Круглова избрали членом ЦК.
Министром внутренних дел он оставался до 5 марта 1953 года. В этот день Берия подчинил себе все специальные службы. Круглов вновь стал его первым заместителем — на сей раз одним из трех, вместе с Серовым и Кобуловым.