А низовья Киренги тем временем окружили новые поселения, появлялись новые земледельцы. Из-за этого порой возникали земельные споры и раздоры. Подобный спор произошёл у Хабарова с пашенным крестьянином Кузьмой Ворониным, который самовольно занял и распахал пустошь, принадлежащую Ерофею Павловичу. Владелец был вынужден затеять судебную тяжбу с Ворониным и послал жалобу илимскому воеводе. Он написал, в частности, что Кузьма посеял рожь чуть ли не у него во дворе. Скандальное дело Хабаров выиграл и смог воспользоваться урожаем, выращенным на его земле.
В Илимске тем временем произошли заметные перемены. Для управления воеводством прибыл новый воевода, Лаврентий Обухов, представлявший по своему нраву полную противоположность прежнему воеводе, Тимофею Шушерину. Обухов отличался вздорным и вероломным характером, к тому же был невероятно корыстолюбивым и жадным. Многих людей в воеводстве он разорил и довёл до нищеты. Его жертвами становились как крестьяне, так и промышленники, и торговые люди. Многие из ближайшего окружения Обухова брали с него пример и тоже участвовали во всяких злоупотреблениях.
В Илимске зрело широкое недовольство воеводой, готовое перерасти в открытый бунт. В конце концов такой бунт произошёл, и жертвой его стал сам деспот-воевода.
Летом 1665 года в устье Киренги развернулась летняя ярмарка — в последние годы такие ярмарки становились традиционными, — съехались на неё многие торговые люди. Шла здесь бойкая торговля хлебом, разными промышленными товарами, умельцы из дальних и ближних посёлков и городков привезли свои поделки. Ярмарка привлекала множество посетителей из окрестных селений, как русских, так и якутов и тунгусов. Прибыл сюда и сам илимский воевода Обухов. Он вёл себя здесь как и везде, занимался вымогательством у людей, предлагавших на ярмарке свои товары, надеясь на свою полную безнаказанность. У одних он забирал товары за бесценок, у других и вовсе задаром. Люди хоть и роптали, но открыто связываться с воеводой не решались. Особенное возмущение всех съехавшихся на ярмарку вызвало то, как он вёл себя с женщинами. Воевода, не стесняясь, говорил им всякие непристойности, буквально не давал прохода, плотоядно лапал, предлагал уединиться с ним где-нибудь в укромном месте.
Чашу терпения илимских людей переполнило приставание Лаврентия Обухова к жене Никифора Черниговского. Никифор был ссыльным поляком, умельцем, уважаемым среди жителей Илимска человеком. Он уже пообтёрся в русской среде и свободно болтал по-русски, и лишь лёгкий акцент выдавал его иностранное происхождение. Люди, не сговариваясь между собой, решили расправиться с ненавистным воеводой. Когда Обухов в сопровождении охраны возвращался по Лене на дощанике к себе в Илимск, на него напала толпа недовольных. Произошло ожесточённое столкновение. Люди, вооружённые чем попало, окружили на лодках воеводский дощаник. Охрана Обухова, не ожидавшая нападения, была без затруднений перебита превосходящими силами нападавших. Сам воевода, охваченный паническим страхом, бросился в воду и попытался плыть к берегу. Пловец он оказался плохой: бестолково размахивал руками, подымая сноп брызг. Бросившиеся вслед за ним несколько казаков быстро настигли воеводу и взяли в полукольцо. Передовой пловец-казак, вооружённый увесистой дубинкой, ударил ею Обухова по голове. Воевода, потеряв сознание, ушёл под воду, оставив на её поверхности кровавое пятно. С деспотом было покончено.
В дощанике воеводы оказалось имущество, награбленное Обуховым у участников ярмарки и жителей окрестных поселений. Это была большая партия соболиных шкурок, несколько чернобурых лисиц и триста рублей наличных денег. Черниговский, державшийся за атамана, разделил имущество убитого воеводы между всеми участниками бунта, а затем обратился к ним с такими словами:
— Провинились, братцы, перед законом. Не резон нам оставаться в Илимске. Подумаем все вместе, как нам далее поступить?
— Что скажешь, Никифорушка? — раздались голоса.
— Уходить на Амур и там начать новую жизнь. Вот так мы с вами должны поступить. На Амуре нас ждут воля и богатая пожива.
— Пусть будет по-твоему, — выкрикнул кто-то.
— Вот и веди нас на Амур, — воскликнул другой.
В Никифоре Черниговском все признали предводителя и готовы были ему повиноваться. Решили идти на Амур олёкминским путём. Всего сопровождать Черниговского вызвались восемьдесят четыре человека. Чтобы обеспечить себе дорогу до Амура, сторонники Никифора отобрали у торговых людей дощаники и запасы продовольствия.
Ерофею Павловичу Хабарову не довелось участвовать в той ярмарке и быть свидетелем того, как потопили воеводу, ему в этот день нездоровилось, и он отлёживался дома. Известие о случившемся принесли ему два илимских казака — Венедикт и Гурий, служившие когда-то под началом Хабарова.
— Что скажете, казаки? — такими словами встретил гостей Ерофей Павлович.
— Воеводу нашего прикончили, — ответил Гурий. — Зело скверный мужичонка был. Житья нам не давал. Вот и решились...