На фоне хозяйственных успехов Хабарова, выглядевшего человеком предприимчивым и деятельным, воевода Головин безуспешно пытался привлечь людей к земледельческому труду. Несмотря на все его призывы, люди на них не отзывались и не горели желанием обзаводиться пашней. Это очень раздражало Петра Петровича, не раз говорившего в узком кругу:
— Слишком возомнил о себе этот Хабаров, с воеводой не желает считаться. Собью с него спесь.
Угрозы Головина не были пустыми.
— Был бы я воеводой в Ярославле или Костроме, пришлось бы за каждый свой шаг отчитываться перед Москвой, а здесь Москва далеко, до Бога высоко, — делился с близкими чиновниками воевода, — здесь я сам себе хозяин. Пока стану какое-либо дело согласовывать с Москвой, пройдёт год, а то и два. А дело-то не терпит отлагательства и должно решаться. Вот и не жду указаний из Сибирского приказа, а поступаю «по своему высмотру».
Пётр Петрович неоднократно бросал своим чиновникам, подьячим и высоким казачьим чинам:
— Не забывайте, здесь я вам бог и царь. Понятно, мужики? Здесь я закон для вас и правда. Моя правда сияет, как солнце на небесах.
Головин самолично приказал, чтобы Хабаров вносил в казну не десятую часть урожая, а пятую. Ерофей Павлович открыто роптал, а потом не сдержался и написал челобитную: «Воевода Пётр Головин взял с моей распашной пашнишки пятую лучшую десятины». Протест Хабарова стал известен воеводе, распорядившемуся пашню его конфисковать в казну и заселить селениями земледельцев. Хабаров снова был ограблен и лишился земли и всего хозяйства. Объяснение этого поступка воеводы можно объяснить его самодурством и самоуправством, а также расхождениями во взглядах на систему хозяйствования. Хабаров вносил со своей пашни десятый сноп в качестве натурального налога. Головин же пытался заставить Хабарова согласиться с «десятинной пашней», представлявшей, по сути дела, казённую барщину. Отстаивая свою систему, Хабаров выступал как сторонник более прогрессивного направления хозяйствования.
Лишённый земельных владений, Ерофей Павлович пытался объясниться с воеводой и отстоять свою правду. Тот, хмуро насупившись, выслушал Хабарова, не скрывая своего недовольства.
— Пошто обидел земледельца? — спросил Ерофей Павлович. — Для твоих же казаков хлеб выращивал. Разве не для общего блага старался?
— Коли для общего блага старался, докажи это делами, — ответил воевода, не смягчив хмурого взгляда.
— Чем я могу это доказать, коли ты меня обобрал, ограбил, унизил?
— Помоги якутской казне своими деньжонками. Казна совсем пуста, а мне потребно выплачивать казакам жалованье.
— Я не воевода, чтоб за всё воеводство думать. Денег у меня, Пётр Петрович, для тебя нет. Ограбил ты меня.
— Будешь ещё и дерзить...
— Разве я неправду говорю? Разорил ты меня. Хочешь по миру пустить. Душегуб ты, прости Господи.
— Ах, ты ещё и дерзишь самому воеводе! А ведь я для тебя здесь бог и царь.
— Грабитель с большой дороги — вот кто ты здесь!
— Умолкни! Забываешь, с кем говоришь!
Воевода повысил голос, почти срываясь на крик.
Не стал сдерживать себя и Хабаров, наговорив Головину много резких и дерзких слов. Воевода был взбешён и крикнул своего человека из прихожей. Вбежал подьячий с услужливым поклоном и услышал слова воеводы:
— Этого Ерофея препроводи в тюрьму. Слышишь? Пусть посидит и одумается. Ишь ты, самому воеводе дерзкие речи, зело непотребные слова произносил.
Хабарову Пётр Петрович сказал, напуская на себя как можно больше суровости:
— Посидишь в тюремной избе. Научишься уму-разуму. Сие тебе полезно.
Ерофей Павлович понял, что спорить, протестовать, доказывать свою правду бесполезно. Надо пока умолкнуть и смириться. А там, обдумав всё, действовать: писать обличительную жалобу в Сибирский приказ или даже на имя государя.
Тюремные избы Якутска были переполнены. Документы свидетельствуют, что общее число заключённых превышало тогда сотню человек. Им всё же удавалось общаться со своими близкими, остававшимися на свободе. Хабарова посещали и его друзья, и соватажники, они приносили ему еду и снабжали бумагой. Написал Ерофей Павлович подробную жалобу на воеводу. Письмо это получилось отчаянное, слезливое. Автор жаловался, что воевода «разорил его до конца», что он, Ерофей Хабаров, начисто лишён возможности заводить дальнейшие хозяйства, пашню и снимать урожай. Отчаянное письмо Хабарова было не единственным письмом подобного рода. Жалобы из Якутска в Москву шли целым потоком и не могли не привлечь внимания.
Несмотря на свой конфликт с воеводой, Хабаров всё же полагал, что у того нет никаких оснований держать его в тюрьме, ведь потерпевшей стороной был он, Ерофей Павлович, ведь ему были нанесены убытки, он лишался собственности и подвергался оскорблениям. Однако воевода, затеявший дело Хабарова, продолжал мстить ему, причисляя к своим политическим противникам и тем людям, которые чем-либо вызвали его недовольство.