Когда Хайдеггер в начале июля возвратился из Вильденштейна домой, его положение изменилось самым драматичным образом. Всего несколько дней назад, в замке и потом в охотничьем домике, все благоговейно внимали его выступлениям – и вот теперь, вернувшись во Фрайбург, он вдруг превратился в обвиняемого. Чиновники дали ему понять, что он вполне может обойтись без библиотеки, поскольку заниматься своей профессией ему уже не придется. 16 июля Хайдеггер написал письмо обер-бургомистру – первый набросок своих самооправданий в последующие годы. «Я самым решительным образом протестую против этой дискриминации моей личности и моей работы. Почему именно я должен быть не только наказан конфискацией излишков жилой площади, но и полностью лишен моего рабочего места и подвергнут диффамации перед всем городом – я бы даже сказал, перед мировой общественностью? Я никогда не занимал никаких должностей в партии и никогда не занимался никакой деятельностью ни в ней самой, ни в каком-либо из ее подразделений. Если же в моем ректорстве хотят усмотреть некую политическую вину, то я вынужден потребовать, чтобы мне предоставили возможность оправдаться, какие бы упреки и обвинения против меня ни выдвигались и кто бы их ни выдвигал, а это значит, что я прежде всего должен получить информацию о том, что конкретно выдвигается против меня и моей общественной деятельности».
Поначалу речь шла только о доме и библиотеке. Хайдеггер пока сохранял свою должность. Но французские военные власти уже начали проводить политическую чистку. Университет, который стремился вновь обеспечить себе положение независимой корпорации, всячески пытался доказать, что способен найти в себе силы для самоочищения. 8 мая 1945 года ученый совет решил распространить внутри университета анкету и разработал набор критериев для оценки политического прошлого сотрудников. При этом должны были учитываться только самые «заметные» виды активности. Предусматривались три категории: работа на Службу безопасности, то есть доносительство; административная работа; исполнение высших руководящих и представительских функций (ректоры, деканы). Таким образом, даже само университетское начальство не сомневалось в том, что Хайдеггер должен быть привлечен к ответственности.
Однако французская военная администрация еще не признала университет самостоятельной корпорацией и потому не была готова допустить, чтобы процессом чистки занимался университетский ученый совет. Французский офицер, отвечавший за связи с немецкой общественностью, сформировал комиссию, которая должна была представлять интересы университета при военной администрации и проводить персональные расследования. В эту «Комиссию по чистке», как она теперь называлась, вошли профессора Константин фон Дитце, Герхард Риггер и Адольф Лампе. Все трое были причастны к заговору 20 июля, но почти сразу же после ареста освобождены из заключения. Кроме них, в комиссии работали теолог Алгайер и ботаник Фридрих Элькерс (друг Карла Ясперса, женатый, как и тот, на еврейке, из-за чего в последние годы жил под постоянной угрозой). Перед этой-то комиссией Хайдеггеру и пришлось держать ответ – в первый раз его вызвали 23 июля 1945 года. Комиссия была настроена по отношению к нему довольно доброжелательно. Например, Герхард Риттер попросил занести в протокол, что из доверительных бесед с Хайдеггером он знает: со времени путча Рема тот занял позицию внутренней враждебности национал-социализму. Только один из членов комиссии, Адольф Лампе, показал себя решительным противником реабилитации Хайдеггера. Экономист Лампе пострадал в период ректорства Хайдеггера: Хайдеггер тогда воспротивился продлению срока его работы на кафедре – под предлогом политической неблагонадежности.