В 1258 году царь и его сановники устроили контрпереворот, убили военного лидера и запросили у монголов мира. Наследный принц лично отправился в Китай — по воле случая прямо к Хубилаю, так как Мункэ вел кампанию далеко на западе. Все устроилось наилучшим образом: и корейский властитель, и Мункэ умерли, а Хубилай остался с новым вассалом, бывшим наследным принцем, а ныне царем Вончжоном. В 1271 году объединенные корейско-монгольские войска утвердили Вончжона на троне в древней столице Кэсоне, и стерли в пыль то, что еще оставалось от военной оппозиции. Таким образом Хубилай приобрел твердых врагов в лице простых корейцев и неохотного вассала в лице Вончжона. Он выдал дочь за сына Вончжона, так что в конечном итоге корейский престол предстояло унаследовать его внуку. Властители обменивались подарками: Хубилай присылал нефритовые пояса и лекарства, Вончжон отвечал ежегодными посольствами с данью соколами для императорских охотничьих заповедников и рыбьей кожей на выделку мягкой обуви для подагрических ног Хубилая. Корея стала монголо-китайской колонией с постоянно проживающими там эмиссарами, которых охраняли монголо-китайские войска и которым служил корпус говорящих по-монгольски переводчиков. Хубилая не любили, но он был силой, стоящей за троном. Он нуждался в кораблях — и корабли начали сходить с корейских верфей, сперва для завоевания империи Сун, а потом для перевозки монголо-китайской армии в Японию.
К началу 1270-х годов Хубилай изобрел и обоснование войны. В 1266 году, когда совсем недавно был подавлен мятеж Ариг-буги, а кампания против империи Сун только планировалась, он отправил в Японию первое посольство, требуя от правителя этой «маленькой страны» немедленно подчиниться ему. Послание спешно доставили из пункта прибытия в страну, Хакаты (в современной Фукуоке), на Кюсю, в расположенную в 800 км на северо-восток Камакуру, ставку сёгуна (военного правителя Японии), а потом на полдороги обратно на юго-запад — к номинальному сюзерену сёгуна, императору в Киото. Послание вызвало волнение и возмущение — это мы-то «маленькая страна»! — смешанное с ужасом. Император вчерне набросал письмо, предлагающее переговоры, но сёгун немедля запретил и думать об этом. Продержав послов шесть месяцев, сёгун приказал им отправляться домой вообще без всякого ответа. Это позволяло хоть как-то выиграть время. Бесполезный во всех практических отношениях, двор предался молитвам.
Казалось, молчание сработало, так как несколько лет от Хубилая больше ничего не приходило. Его войска были заняты иными делами, осаждая Сянъян, служивший ключом к завоеванию юга. Лишь в сентябре 1271 года прибыл еще один посол-кореец, официально везущий требование подчиниться, а неофициально предупредивший японцев, что пора готовиться к нападению. Послу снова не дали никакого официального ответа, но теперь вассалам приказали вернуться в свои владения, а служилой знати — заняться укреплением тридцати обветшавших прибрежных замков. Молитвы при дворе сделались еще более горячими. Поэтому, когда в 1272 году в Японии высадился монгольский посол и потребовал, чтобы его письма немедленно отослали императору, японский воинственный дух снова ожил. Последним сёгуном в роду правящего семейства Ходзё был отважный юноша 22 лет по имени Токимунэ; он выгнал посла взашей — тяжкое оскорбление для Хубилая, равносильное прямому приглашению вторгнуться.
Вскоре Хубилай стал к этому готов. В 1273 году пал Сянъян, высвободив резервы для операций в иных местах, а в корейских и сунских портах хватало кораблей для нападения. В конце октября или ноября 1274 года (источники опять же расходятся) из Масана на южном побережье Кореи вышло примерно 300 боевых кораблей и 400 судов поменьше, которые пересекли 50 км моря до островов Цусима — от века и доныне камень для перешагивания с материка в Японию.
На берегу местные жители дали эффектное, но безнадежное оборонительное сражение. Впоследствии оно послужит материалом для легенд: японская рыцарственность, монгольское варварство, воины-одиночки, с достоинством вызывающие врага на бой, отравленные монгольские стрелы, сыплющиеся, словно весенний ливень, море, сделавшееся алым от крови, и благородное самоубийство (сеппуку) наместника. Предания говорят о шести тысяч убитых и тысяче отрубленных голов, унесенных монголами на свои корабли, прежде чем те отплыли к следующему камню для перешагивания через пролив — Ики, в 50 км от Цусимы.
Услышав о приближении монголов, наместник Ики отправил за помощью на Хонсю. И снова последовало сокрушительное нападение, храбрая, но бесплодная оборона и деяния, прочно отпечатавшиеся в памяти народа — дочь наместника ускользнула на лодке только для того, чтобы погибнуть в море под градом монгольских стрел; благородный наместник и его семья приняли смерть в горящем дворце; пленных прибили за ладони к форштевням монгольских боевых кораблей.