Ли Сын Хун и его единомышленники начали активную миссионерскую работу, и количество сторонников нового вероучения среди корейских дворян стало быстро возрастать. Обеспокоенное проникновением чуждого и странного учения, корейское правительство, обычно отличавшееся веротерпимостью, решило принять решительные меры и под страхом смерти запретило пропаганду христианства. Однако запрет не остановил сторонников новой веры, и в 1791 г. в Корее появились первые мученики. С этого момента корейское правительство на протяжении почти столетия вело отчаянную борьбу с католиками, организовав в 17851876 гг. десять крупномасштабных кампаний по искоренению «западной ереси». Множество корейских христиан погибло на плахе и в тюрьмах. Судьбу их разделили и иностранцы, главным образом французские и китайские католические священники, нелегально проникавшие в Корею из Китая (въезд иностранцев в страну был тогда категорически запрещен) и редко возвращавшиеся назад живыми. Тем не менее, католическая община продолжала существовать и расти. К моменту легализации христианства в 1870е гг. численность католиков в стране превышала 10.000 человек. К середине XIX века появились и первые корейцы-священники, которые были тайно отправлены общиной учиться в семинарию в Макао и, пройдя там подготовку, нелегально вернулись на родину.
Если сравнивать Корею с другими странами Восточной Азии, то видно, что история раннего корейского христианства достаточно нетипична. Во-первых, католическое христианство проникло в Корею без непосредственного участия западных миссионеров, через книги. Во-вторых, его распространение было достаточно быстрым, успешным и, опять-таки, не являлось результатом деятельности иностранных представителей.
Распространение протестантизма в Корее происходило по более стандартной схеме. Решающую роль в его проникновении в страну сыграли западные миссионеры, деятельность которых началась в Корее в 1880-е гг., вскоре после «открытия страны» в 1876 г. Решающую роль в массовом распространении протестантского христианства сыграли американцы, первым из которых был просвитерианин Гораций Аллен, прибывший в Корею в 1884 г. Активная деятельность миссионеров привела к тому, что к началу века в стране сформировалась заметная протестантская община. В самом конце прошлого века появились в Корее и православные миссионеры, но успехи их были весьма скромными. Показательно, что сейчас корейцев-православных в двадцать раз меньше, чем… корейцев-мусульман, хотя попавший сюда в 1951 г. ислам тоже не самая популярная в Корее религия.
Хотя в начале века христиане и составляли сравнительно небольшую часть всего населения страны (1,5 % в 1911 г.), они сыграли особую роль в тех многочисленных преобразованиях, что тогда происходили в Корее. Миссионеры открыли в Корее первые западные больницы и школы, способствовали распространению современных научных и технических знаний. Христианами (в основном протестантами) была очень заметная часть первых корейских «западников», активным было участие протестантов и в национально-освободительном движении.
Любопытно, что протестантство и католицизм в современной корейской статистике рассматриваются как разные религии. Вызвано это, отчасти, и лингвистическими причинами: протестанты именуют свое вероучение «кидокке» («Учение Христа»), в то время как католики именуют себя последователями «чхончжуге» («Учения Небесного владыки»). Сказывается это и на переводах. Когда кореец, говоря по-английски или по-русски, называет себя «христианином», это почти всегда означает, что он является именно протестантом, а не католиком или, скажем, православным.
В период колониального владычества корейское христианство столкнулось с немалыми трудностями. Японцы с понятным подозрением относились как к самому христианству, опасаясь, что оно может стать источником проникновения западных идей, так и к миссионерам, в которых они видели потенциальных западных агентов. В противовес христианству власти пытались внедрять в Корее японские варианты буддизма, но без особого успеха. Еще меньшего успеха добились колониальные власти в своих попытках насаждения японского язычества — синтоизма, который оставался для большинства корейцев религией не просто чуждой, а глубоко враждебной.