Говоря об академике Харитоне, нельзя не сказать о Сахарове. Для самого Харитона это была, быть может, самая болезненная тема.
Оба они были трижды Героями Социалистического Труда. Но у Сахарова все звания отобрали, сослали в ссылку, отстранили от науки. Между тем именно Сахарова видел Харитон своим преемником в качестве научного руководителя Арзамаса-16: «Я не сомневаюсь в его высоких моральных качествах». Харитон считал Сахарова научным гением (как и Зельдовича). Но Харитон в 1973 году подписал коллективное письмо 40 академиков, где Сахаров обвинялся в подрыве социалистических устоев и идеологических диверсиях против СССР. Эту подпись ему ставят в вину до сих пор. Почему он, не боявшийся Берию, испугался Брежнева? Может быть, болото страшнее пропасти... Домашние рассказывают, что для Юлия Борисовича это был самый мучительный шаг в его жизни. Он не обольщался по поводу режима, хотя при его замкнутости услышать от него даже реплику по этому поводу могли лишь самые близкие люди. (Однажды Харитон тихо сказал, что через 15–20 лет среди наших руководителей появятся люди, которые будут играть не в домино, а в шахматы, но парная баня все равно будет объединять и тех, и других). Проработав два года в Кембридже – это было самое светлое время в его жизни, – он не мог не разделять мыслей Сахарова о необходимости сближения двух идеологических систем. И он поддерживал Сахарова в его борьбе с Лысенко. Но сейчас за ним стоял огромный коллектив и огромное дело, от которого он мог быть отстранен. И он поставил осуждающую подпись. Дома был скандал, на Юлия Борисовича было страшно смотреть... Но именно Харитон, пользуясь своим влиянием, ходил к Андропову и Устинову, писал прошения, чтобы родственников Сахарова выпустили за границу, неоднократно пытался добиться смягчения его участи. И впоследствии никогда не рассказывал об этом Сахарову, потому что сразу говорить об этом запрещалось, а потом стало непонятно, что возымело действие. В годы перестройки они опять начали встречаться, подолгу разговаривали. Харитон написал личное поручительство и повторил на Политбюро: Сахарова, который был носителем многих государственных секретов, можно выпустить за границу. О Сахарове Харитон сказал: «Андрей Дмитриевич относится к числу немногих людей, которым безусловно можно доверять, и он не способен нарушить данное им слово».И Сахаров никогда не бросал упреков Харитону. Когда у Юлия Борисовича умерла жена, первым позвонил Сахаров. Через полчаса – Брежнев: «Сочувствую, у вас умерла матушка». «Это была моя жена», – поправил Харитон.
На похоронах Сахарова Харитон стоял у гроба совершенно потерянный. Это была не первая тяжелая утрата. В 1961 году фактически на руках у Харитона во время прогулки умер Курчатов.
Потом ушли Зельдович, Семенов, Александров. Жена, единственная дочь...Последний раз он вышел на люди в 1996 году, когда в Колонном зале проходило торжественное заседание, посвященное 100-летию его учителя Николая Семенова. На тот момент Юлий Борисович Харитон был последним трижды Героем Социалистического Труда в нашей стране. Когда-то он стал первым из них. В президиуме сидели Ельцин, Черномырдин, Лужков и смотрели в зал. С трибуны говорилось о замечательной роли наших ученых. Академик Харитон сидел в зале, хотя именно благодаря ему с теми, кто сидел в президиуме, еще разговаривали на равных.
История советского атомного проекта, как и судьбы замечательных ученых, работавших над бомбой, дают богатую пищу для размышлений о связи между наукой и властью. Советский атомный проект был реализован в невиданно короткие сроки потому, что наши ученые еще оставались частью мировой научной элиты. И потому, что в самом СССР физика, хотя ученые сохраняли лояльность к власти, по своей сути оставалась островком интеллектуальной свободы
. С другой стороны, именно физика, хотя и была поставлена на службу государству, являлась тем стержнем, где в СССР поддерживались принципы демократии и здравого смысла. Власть ради своего выживания нуждалась в науке, но наука оказывала влияние на власть и подталкивала ее к реформам. Если наука была цивилизующей силой в советском государстве, то какую роль играет она сейчас?