К концу 813 г. события ускорились. Сообщение между левым и правым берегом было разорвано, квартал Карх заняли неприятельские войска, и территория, подвластная Амину, сократилась до Круглого города и его окрестностей. Халиф и Зубайда покинули свои дворцы Хулд и Карар и укрылись в Куббат ал-Хадра, в сердце города. Последние военачальники, сохранившие верность Амину, несмотря на то что почти все уже было потеряно, советовали ему собрать несколько сотен лучших воинов из абны и совершить ночную вылазку через одни из городских ворот. Тогда он мог бы добраться до Месопотамии или Сирии, а оттуда попытаться вернуть себе трон и империю. Его окружение, в котором имелись сторонники Тахира, отговаривало его от осуществления этого плана. Лучше всего сдаться, причем сдаться Харсаме, который с возрастом стал менее ретивым и которого Амин хорошо знал, а не вспыльчивому Тахиру. Без ведома Тахира халиф известил старого полководца о готовности прибыть в его лагерь, и между ними был заключен договор, в соответствии с которым Амин должен был прийти к Харсаме, одновременно передав Тахиру символы своей власти — плащ, жезл и печать. Харсама должен был приплыть на корабле вместе с несколькими людьми ко дворцу, и халиф тогда бежал бы вместе с ними. В последнюю минуту Харсама, заметивший подозрительное движение на берегу, предложил перенести операцию на ночь. Амин отказался.
Тогда Харсама прибыл с несколькими воинами. Он тотчас же бросился к ногам халифа, крича: «О, мой господин и повелитель! О, сын моего господина и повелителя!» Маленький отряд разместился на судне военачальника, но не успело оно отчалить от берега, как появились вооруженные люди, окружили корабль и пробили его. Судно погрузилось в воду вместе со всеми, кто на нем был. Один из воинов спас Харсаму, схватив его за волосы, в то время как Амин бросился в воду и попытался достичь противоположного берега вплавь. Его сразу же узнали, окружили и препроводили в соседнее здание верхом на осле. Тахир, настроенный против пленения халифа, прислал к нему нескольких рабов, одного из которых звали Корайш. Едва увидев их, Амин все понял. Тогда он повел себя с большим достоинством. Когда арестованный вместе с ним Ахмед, начальник его стражи, сказал ему: «Да будут прокляты министры, которые довели вас до такого положения», он ответил: «Не говори о моих министрах, или говори хорошее. Они невиновны. Что касается меня, то я не первый, кто попытался достичь цели и претерпел неудачу». Он погрузился в молитву. Около полуночи вошли персидские воины с обнаженными мечами. Халиф попытался дорого продать свою жизнь, но получил два удара по голове и рухнул наземь. Ударивший его Корайш отрубил ему голову и отнес ее к Тахиру. Последний, по обычаю, выставил ее на обозрение на главном мосту Багдада.
Вот так ночью с 24 на 25 сентября 813 г. погиб старший сын Харуна ар-Рашида, единственный халиф, происходивший из семьи Пророка и по матери, и по отцу. Перед смертью он вскричал: «Мы принадлежим Богу и возвращаемся к Богу! Я двоюродный брат Пророка, брат Мамуна!»
Теперь Мамун остался единственным халифом, но ему еще предстояло пройти долгий путь, чтобы подчинить империю своей власти. Череда гражданских войн прекратилась далеко не сразу, и многие события отсрочили его возвращение в столицу.
По смерти Амина Мамун постоянно находился в Мерве вместе со своим визирем и «покровителем» Фадлом ибн Сахлом, который стремился сделать Хорасан, где он пользовался большим влиянием и дружеской поддержкой, центром империи.
Не тогда ли Мамун захотел положить конец застарелой вражде с Алидами? Или над ним, в конце концов, возобладали его давние личные симпатии? Вероятно, и то, и другое. Весной 817 г. он принял неожиданное решение назначить своим законным наследником Али ибн Мусу, более известного под именем Али ал-Рида, восьмого имама двенадцатиричных шиитов. Черный цвет Аббасидов был заменен зеленым — Алидов. Али получил в жены дочь халифа Умм Хабиб, а его сын Мухаммед женился на другой дочери Мамуна Умм ал-Фадл. Аббасиды не были отстранены от наследования, но пока, наверное, вплоть до восстановления мира, когда халифскую власть можно будет вернуть потомкам Аббаса, править предстояло человеку, признанному самым достойным, а главное, способным усмирить распрю между Алидами и Аббасидами. Цель Мамуна заключалась в том, чтобы обеспечить единство семьи Пророка и сплотить халифат. Однако произошло обратное.
В очередной раз Багдадом овладело смятение. В итоге имеющиеся в наличии аббасидские принцы решили объявить о низвержении Мамуна и избрании на халифат одного из родственников Харуна ар-Рашида. Выбор сначала остановился на Мансуре, одном из сыновей Махди, но он отказался. Тогда халифом был объявлен другой из сыновей Махди, Ибрагим. Двадцать четвертого июля 813 г. в большой мечети Багдада прозвучала молитва с упоминанием его имени. Имя же Мамуна было опущено. Ибрагим получил титул ал-Мубарак, «Благословенный». В империи снова оказалось два соперничающих халифа.