Усиление реакции в конце 40-х годов, когда филиппинских берегов достиг дух маккартизма, оказалось для Эрнандеса роковым: его обвинили в «мятеже против законного правительства», в поддержке национально-освободительной армии, руководимой коммунистами, и во многих прочих «грехах». Шесть долгих лет — с 1951 по 1956 год — провел он, приговоренный первоначально к пожизненному заключению, в филиппинских концентрационных лагерях и тюрьмах самого строгого режима. Но и в застенках поэт продолжал творить, умудряясь добывать и надежно прятать бумагу и огрызки карандашей, о чем сам потом вспоминал с гордостью. Именно в тюрьме в 1952 году Эрнандес завершил обширную поэму «Свободный народ», посвященную борьбе филиппинцев против японских захватчиков. Там же написал большой цикл стихов, которые затем вошли в его лучшую книгу избранной поэзии. Стихи Амадо преодолевали тюремные стены и ограждения из колючей проволоки. Палачам так и не удалось вырвать у него признание в том, что он якобы передал партизанам-хукам мимеограф. Во многих странах мира развернулась массовая кампания за освобождение филиппинского поэта. «Спасем Амадо Эрнандеса!» — провозгласил в 1952 году Назым Хикмет в одной из своих статей, — ему была особенно близка судьба его филиппинского собрата. Под давлением мирового общественного мнения в 1956 году филиппинские власти вынуждены были согласиться на условно-досрочное освобождение Эрнандеса, однако только в 1964 году Верховный суд Филиппинской республики окончательно прекратил возбужденное против него дело.
Выйдя из заключения, поэт с упоением отдается творчеству. Одна за другой выходят его пьесы, среди них «Мунтинлупа» (1958) — об ужасающих порядках в тюрьме, «Лестница на радугу» (1959), «Уважаемые люди» (1960) и «Два лица одного грубияна» (1961), отмеченные премией имени Карлоса Паланки, второй по значимости литературной наградой в Филиппинской республике. В 1962 году Амадо Эрнандесу присуждают высшую и наиболее почетную для художника награду страны — Республиканскую премию культурного наследия в области литературы — за сборник стихов разных лет «Клочок неба» (1961). В 1967 году его, бывшего «государственного преступника», Фердинанд Маркос наградил президентской медалью за большой вклад в развитие литературы и искусства страны. Газеты вновь запестрели фотографиями Эрнандеса, или Манга Амадо («Дядюшки Амадо»), как любовно называли его филиппинцы. С 1964 года он сотрудничает в газете «Талиба» и одновременно преподает в Филиппинском университете. В 1972 году посмертно ему была присуждена почетная докторская степень. (Кстати, он умер за подготовкой экзаменационных материалов для студентов.) Автор некролога, помещенного в мартовском номере крупнейшего национального еженедельника «Филиппинз Фри Пресс» за 1970 год, назвал Амадо Эрнандеса «выдающейся фигурой филиппинской словесности».
После освобождения поэта, в условиях постепенной демократизации общественной жизни, имя Эрнандеса становится особенно популярным на Филиппинских островах. Стихи и отрывки из книги «Клочок неба» включаются в школьные программы и официально рекомендуются для старших классов филиппинской школы и колледжей, его неизменно избирают в состав жюри литературных конкурсов. Статьи и стихи Эрнандеса постоянно печатаются в филиппинских газетах и журналах на тагальском и английском языках. Стихи Эрнандеса получают известность и за рубежом. Советские читатели тоже имели возможность познакомиться с его поэзией[1]. Сам А. Эрнандес перевел немало произведений зарубежных авторов на тагальский язык, и среди них мы встречаем пушкинское «Послание в Сибирь», оказавшееся в годы заточения столь созвучным мыслям и чувствам филиппинского мятежного поэта-патриота, большого и искреннего друга нашей страны.
В последний период жизни, в 60-е годы, Амадо Эрнандес пробует свои силы в жанре романа.