Явление хлыстовской богородицы подготовлено в первых главах самого романа. Марина Премирова впервые появляется тут в качестве подруги Степана Кутузова, казанского студента, впоследствии большевика. В нее безнадежно влюблен Дмитрий Самгин, брат Клима, впоследствии этнограф. Сам Клим предпочитает Марине ее подругу Серафиму Нехаеву, впоследствии любительницу декадентской поэзии. Дальше события в этой основной для романа группе персонажей развиваются так. Кутузов на протяжении всего романа оказывается единственным проводником правильной, партийной линии. Марина выходит замуж за богатого и чудаковатого купца Зотова, который скоро умирает, оставив ей наследство. Став богородицей хлыстовской общины Русь-города, Марина приращивает свое состояние торговлей недвижимостью, чему немало помогает ее роль в хлыстовском корабле. Из дел, которые ведет Самгин, мы подробно узнаем, как хлысты дарят или завещают Марине свои дома или землю. Часть денег Марина тратит на поддержку большевистской деятельности Кутузова.
Связь Марины и Степана, из неудовлетворенной любви перейдя в общие дела, продолжается десятилетия. Что касается Дмитрия Самгина, который был поклонником Марины, то он уезжает в этнографическую экспедицию на русский Север: вероятно, изучать то, чем занимается в родном городе отвергнувшая его Марина. В этой фигуре бродяги-этнографа можно увидеть сходство с Пришвиным, к которому Горький относился дружески, но не без насмешки. Роль отца-основателя играет в тексте дядя Клима и Дмитрия, возвратившийся из многолетней ссылки народник Яков Самгин. Его образ написан с народника В. Гусева, который пропагандировал в 1870-х годах среди саратовских сектантов, потом два десятка лет отбывал мучительное наказание, а потом приехал в Нижний Новгород, где с ним подружился Горький. «Я ведь сектантов знаю, был пропагандистом среди молокан в Киевской губернии. […] Гусев — это я и есть», — без лишних хитростей говорит в романе Яков Самгин (21/136). «Он был веселый, танцор, балагур. И вдруг ушел в народ, к сектантам. Кажется, у него был неудачный роман», — объясняет прошлое Якова его сестра. «У них у всех неудачный роман с историей», — интерпретирует скептический голос (21/138).
Среди многочисленных прототипов Клима Самгина самый вероятный — это автор: Самгин —
Панический страх Горького перед русским крестьянством множество раз описывался им самим и его критиками. Позитивная фигура Мудрого Человека из крестьян для него невозможна; но положительный герой необходим, и он должен быть если не из народа, то точно не из интеллигенции. Вот тут Горький изменяет и классовому подходу, и классической традиции. Все проблемы решаются конструированием Зотовой — просвещенной хлыстовки, девственной вдовы, бездетной богородицы. В ней Мудрый Человек из Народа сливается с Русской Красавицей, и оба вместе противостоят Самгину, Слабому Человеку Культуры. Переосмысляется и сексуальная динамика нашего треугольника, сплющенного с гендерной стороны. Самгин влюбчив, подобно всем его литературным предшественникам; но Зотова, хотя и прекрасна подобно остальным Русским Красавицам, чужда секса, подобно Мудрым Людям из Народа. Изменение треугольника не остается безразличным и для фабулы. Вопреки литературной традиции, слабый и влюбленный герой так и остается живым. Автор вынужден убить героиню, в которой нельзя бесконечно совмещать противонаправленные начала.