Саддам Хусейн, между тем, укреплял свою власть, продвигая на ключевые роли в правительстве и бизнесе родственников и союзников. Устранив в 1976 году самых влиятельных в армии баасистов — генерала Хардана ат-Тикрити (во время зарубежной поездки ему сообщили что он снят со всех постов. В Ирак он не вернулся и вскоре был убит в Кувейте неизвестными) и полковника Салиха Махди Аммаша (назначен послом в Финляндию), Хусейн принялся за тотальную «баасизацию» страны — идеологическую и административную. Саддам начал с госаппарата, срастив его с партийным. Произошла «чистка» в армии: все нелояльные к режиму офицеры увольнялись либо отправлялись служить в Курдистан, а в военные академии и колледжи стали приниматься только члены партии. Функционеры "Джихаз ханина" уничтожили все независимые фракции и группировки внутри самой «Баас». "Баасизация" армии, по замыслу Хусейна, имела целью создания "идеологической армии", нацеленной на защиту власти партии. С помощью секретной службы Хусейну удалось справиться с противостоящими ему в партии и правительстве силовиками, расставить на ключевые места верных людей (преимущественно из родственного тикритского клана) и установить контроль над важнейшими рычагами управления государством.
16 июля 1979 года президент аль-Бакр ушёл в отставку, якобы по болезни (утверждали, что он посажен под домашний арест). Его преемником был объявлен Саддам Хусейн, который также возглавил региональное руководство партии «Баас». Фактически Саддам Хусейн таким образом присвоил себе диктаторские полномочия. Немедленно был арестован генеральный секретарь Совета революционного командования Абд аль-Хусейн Масхади, который под пытками дал показания о гигантском заговоре, якобы возникшем в «Баас» в пользу Сирии. На состоявшемся спустя два дня партийном съезде Масхади вывели на трибуну, и он указал как на своих соучастников на 60 депутатов, которых немедленно арестовали.
После прихода к власти Саддам Хусейн сразу же столкнулся с серьёзной угрозой своему правлению, исходившей от соседнего Ирана. Аятолла Хомейни, лидер победившей в Иране исламской революции, собирался распространить её на другие страны Персидского залива; кроме того, он имел личную неприязнь к Саддаму Хусейну. Иран начал оказывать поддержку подпольной шиитской группировке "Ад-Даава аль-исламия", развернувшей кампанию покушений и террористических акций против представителей руководства Ирака.