Первым вопросом, по которому развернулась борьба уже в июле 1958 года было присоединение Ирака к только что созданной Египтом и Сирией Объединенной Арабской Республике (ОАР). За присоединение выступали националисты и лидеры партии Баас, верившие в арабское объединение. Против высказались коммунисты. Касем яростно выступал против такого объединения. Его позиция объяснялась тем, что он не хотел превращать Ирак в ещё одну часть большого государства под руководством Египта, подчинившись Насеру, которого он не любил и боялся. Стремясь дистанцироваться от коммунистов, Касем начал репрессии против левых. Тогда же, сразу после революции, между Касемом и его соратником Арефом, который также выступал за союз с Египтом, началась борьба. Последний проиграл борьбу за власть в сентябре 1958 года. Он был снят со всех постов и отправлен в отставку. Два месяца спустя он попытался организовать переворот вместе с двумя десятками офицеров. Переворот провалился, 19 офицеров были казнены. Ареф был приговорен к смертной казни, но его помиловал Касем и отправил послом в ФРГ. Впоследствии его спецслужбы раскрыли еще 29 заговоров против него
Но борьба за власть резко обострилась, когда 5–6 марта 1959 года Иракская коммунистическая партия (ИКП) организовала в третьем по величине городе Ирака — Мосуле, главном оплоте баасизма, Большой фестиваль мира. К началу фестиваля в город прибыли 250 тысяч активистов ИКП. Через день после фестиваля, когда большинство участников покинули город, военное командование местного гарнизона подняло мятеж под панарабистским лозунгами. На улицах города началась вооруженная борьба между коммунистами, панарабистами, христианами, туркменами, арабами и другими. Пока в Мосуле шла борьба между главными соперниками — коммунистами и панарабистами Касем не вмешивался, чтобы с помощью левых сил покончить с мятежными офицерами, арабскими националистами и сторонниками мусульманского братства. 8 марта правительственные войска начали штурм Мосула и к следующему дню армия и вооруженные отряды коммунистов жестоко подавили его. Последовали изнасилования, убийства, грабежи, групповые суды и казни в присутствии ликующих толп. Жизни лишились сотни людей, в большинстве арабские националисты. Считается, что последовавшие после подавления мятежа казни и стали причиной попытки покушения на Касема.