Когда Юрий поступил на работу в аппарат ЦК, его внимание привлекли две академические дискуссии, в которых участвовали лысенковцы. Первая развернулась вокруг атаки, развернутой лысенковцами против генетики. Кульминацией их крестового похода, начавшегося в сентябре 1947 года, явилось слушание в суде чести дела ведущего советского генетика А. Р. Жебрака. Обвинив Жебрака в «антипатриотических действиях» и «низкопоклонстве перед буржуазной наукой», его очернители стремились обнародовать выводы, сделанные судом, распустить кафедру генетики Тимирязевской академии и устроить второй процесс над генетиком Н. П. Дубининым. В том числе, благодаря вмешательству Юрия Жданова, идею второго процесса похоронили, а преследование генетиков приостановилось[143]
. В ходе второй дискуссии Лысенко критиковал «мальтузианские ошибки», совершенные некоторыми советскими биологами, утверждавшими, что «в природе имеет место внутривидовая конкуренция». Заклеймив данное утверждение, как «буржуазный пережиток», Лысенко представил его, как искажение дарвинизма. Затем последовали оживленные дебаты в академических кругах, включая заседание бюро отделения биологических наук Академии наук. В этом конфликте Ю. А. Жданов вновь выступил на стороне биологов против Лысенко. Свои взгляды он выразил 10 апреля 1948 года в докладе «Спорные вопросы современного дарвинизма», прочитанном в Политехническом музее на семинаре лекторов обкомов партии. Жданов доказывал, что академическая дискуссия идет не между советским и буржуазным «лагерями», как утверждал Лысенко, а между разными научными школами советской биологии. Он также укорял Лысенко в том, что тот лишь за собой оставил право быть последователем великого русского селекционера Мичурина. В то же время Ю. А. Жданов дал понять, что его речь выражает лишь его собственную точку зрения[144].Хотя Лысенко лично не присутствовал на выступлении Юрия Жданова, ему удалось его прослушать по репродуктору из одного из кабинетов в Политехническом музее и сделать конспект. Через неделю после доклада, 17 апреля, Лысенко написал Сталину и А. А. Жданову письмо с возражениями против обвинений Жданова-младшего. Ответ на письмо не последовал, но Лысенко не сдавался. 11 мая поставил вопрос о своей отставке с поста президента ВАСХНИЛ. Это было своеобразное давление, так как должность Лысенко входила в номенклатуру Политбюро, т. е. заявление об отставке обязательно попало бы к Сталину[145]
.Поздно вечером 31 мая, в кабинете Сталина[146]
состоялось заседание Политбюро, посвященное присуждению сталинских премий в области науки и изобретательства. Некоторые детали этого заседания нам известны благодаря записи в дневнике заместителя председателя Совета министров СССР В. А. Малышева, также присутствовавшего в кабинете Сталина. Сталин предварил формальную повестку дня некоторыми замечаниями по поводу Лысенко и доклада Ю. Жданова. Он не поддержал Жданова, заметив, что тот не имел права высказывать личные взгляды, так как «у нас в партии личных взглядов и личных точек зрения нет, а есть взгляды партии». Сталин также фактически взял под защиту Лысенко. Жданов, по словам Сталина, «поставил своей целью разгромить и уничтожить Лысенко», что неправильно. Развивая эту мысль, Сталин заявил:«Нельзя забывать […], что Лысенко — это сегодня Мичурин в агротехнике. Нельзя забывать и того, что Лысенко был первым, кто поднял Мичурина как ученого. До этого противники Мичурина называли его замухрышкой, провинциальным чудаком, кустарем и т. д. Лысенко имеет недостатки и ошибки как ученый и человек, его надо критиковать, но ставить своей задачей уничтожить Лысенко как ученого — это значит лить воду на мельницу разных жебраков»[147]
.