7 сентября 1941 г. Антонеску издал приказ о депортации этих узников за Днестр в созданное к тому времени губернаторство Транснистрия. Для осуществления акции были разработаны специальный план и маршруты. Депортация проходила в чудовищных условиях и сопровождалась массовыми издевательствами и расстрелами. Все арестованные евреи должны были передвигаться под охраной пешком, а те, кто отставал или не мог идти дальше, подлежали расстрелу на месте, для чего вдоль дорог на расстоянии 10 километров друг от друга вырыли ямы на 100 человек каждая. К 9 декабря 1941 г. евреев почти полностью перевели из концлагерей Бессарабии и Буковины в рабочие и концентрационные лагеря Транснистрии (всего 125 тысяч). К ним присоединили местных евреев, прежде всего из Одессы, а также с левобережья Южного Буга.
Однако румынская администрация не ожидала такого большого количества заключенных. Лагеря Транснистрии были переполнены, в них часто не хватало построек и пропитания, в связи с чем часть евреев погибла от голода и холода. Особенно высокая смертность среди заключенных наблюдалась зимой 1941–1942 гг. Умерших не хоронили, что приводило к новым вспышкам заболеваний. Кроме того, зимой 1941–1942 гг. в лагерях жудеца (округа) Голта произошли масштабные массовые расстрелы евреев. На берегу Южного Буга всего за несколько дней расстреляли 40 тысяч узников, еще 5 тысяч было сожжено заживо в лагере Богдановка.
Румынские власти проводили в Транснистрии массовые акции по уничтожению еврейского населения до февраля 1942 г. С наибольшей жестокостью они вели себя в Одессе, где 16 октября 1941 г., в день оккупации города, оставалось около 100 тысяч евреев. Уже 22–25 октября от 19 до 25 тысяч евреев были загнаны, а потом сожжены заживо на девяти артиллерийских складах. 8 ноября в местной печати был опубликован приказ командующего войсками города Одессы: «1. Все мужчины еврейского происхождения, в возрасте от 18 до 50 лет обязаны, в течение 48 часов с момента опубликования настоящего приказа явиться в Городскую тюрьму… 2. Все жители гор. Одессы и его предместий обязаны сообщить в соответствующие полицейские части о каждом еврее вышеуказанной категории, который не выполнил этого приказа. Укрывающие, а также лица, которые знают о том и не сообщают, караются смертной казнью»607
.В дальнейшем евреев «других категорий» депортировали в концентрационные лагеря Доманевка, Ахмечетка, Богдановка и Печера, где они в основном были расстреляны, сожжены заживо или погибли от голода и холода (в феврале 1942 г. Одесса была объявлена свободным от евреев городом). Лишь несколько сот депортированных одесских евреев остались в живых. К концу февраля 1942 г. в Транснистрии оставались в живых 20–25 тысяч уцелевших местных евреев, 120 тысяч депортированных из Бессарабии и Румынии и 55 тысяч из Буковины608
.Одновременно с созданием гетто и концентрационных лагерей на оккупированной румынской армией территории СССР из приграничных с Советским Союзом районов Румынии евреев депортировали на запад страны, а мужчин моложе 60 лет заключили в концлагерь Тыргу-Жиу. 3 сентября 1941 г. был отдан приказ об обязательном ношении румынскими евреями отличительного знака — желтой шестиконечной звезды Давида. Главный раввин страны А. Шафран обратился за помощью к Румынскому Патриарху Никодиму (Мунтяну), в результате ходатайства которого премьер-министр И. Антонеску 8 сентября отменил приказ об отличительном знаке.
Однако предписание о ношении с сентября 1941 г. евреями на верхней одежде желтой звезды Давида на оккупированных румынским войсками территории, в частности в Северной Буковине, осталось. 26 февраля 1943 г. Военное управление провинции Буковина издало постановление, в котором были упорядочены соответствующие правила для разных групп еврейского населения. Причем некоторые категории получили разрешение не носить звезду: «.. крещеные евреи при условии, если их переход в христианство был официально зарегистрирован в актах гражданского состояния; еврейские женщины, находящиеся в браке с христианами; дети от таких браков»609
.В целом в Румынии были приняты довольно жесткие анти-еврейские законы и учреждена должность специального уполномоченного по еврейскому вопросу. Осенью 1941 г. правительство И. Антонеску издало указ, запрещавший евреям переходить в другую веру, в котором были предусмотрены меры наказания для священнослужителей, совершивших их крещение (однако крещенных в прошлые годы евреев Церкви не запрещалось окормлять). И в июне 1942 г. Румынская Патриархия отклонила ходатайство около 50 тысяч местных евреев о принятии их в Православие610
.