Студент Базилио, кончающий медицинский факультет, — сын несчастной крестьянки Сисы, умершей в «Не касайся меня» от горя и нищеты после гибели своего второго сына, — любит Юлию. Она — единственная дочь несчастного арендатора, лишенного монахами своего участка земли и вынужденного уйти в разбойники. Базилио — мирно настроенный идеалист, которого даже Симону не удается убедить своими пламенными аргументами, — также падает жертвой колониальных властей. Его обвиняют в произнесении мятежных речей на студенческой пирушке, на которой он даже не присутствовал. Ему грозит смертная казнь. Несчастная невеста в отчаянии. Ее убеждают пойти к влиятельному патеру Каморре, близко стоящему к генерал-губернатору, и молить о заступничестве. Девушка после мучительных колебаний решается на этот поступок. Она идет к священнику, а через несколько часов выбрасывается из верхнего окна монашеской резиденции.
Когда к ней подбегает народ, она уже мертва.
Базилио удалось освободиться, но, узнав о гибели невесты, он в отчаянии примыкает к тайным последователям Симона.
Другая повесть несчастной любви живо напоминает судьбу самого Ризаля. Студент Исагани любит девушку из богатой манильской семьи. Но он на подозрении у властей, и родители уговаривают Паулину отказаться от жениха. Ради богатства и общественного положения она соглашается на брак с испанцем. Готовится торжественный свадебный пир. В доме родителей Паулины собирается вся манильская знать. На свадьбе присутствуют генерал-губернатор, манильский архиепископ, все колониальные власти. Приглашен, конечно, и ювелир Симон. Он избирает этот день для начала восстания. Доведенные до отчаяния окрестные крестьяне, собравшиеся в горах близ Манилы, разбойники, все объединенные Симоном заговорщики только ждут сигнала, чтобы ворваться в город и залить его кровью угнетателей.
Сигналом должен явиться взрыв в доме Паулины. Симон уже заранее упивается местью. Одним ударом взорвав дом со всеми своими врагами, он отомстит за себя, за Марию Клару, тем временем уже успевшую умереть в монастыре, за свой народ.
Он преподносит Паулине в качестве свадебного подарка лампу прекрасной работы, начиненную динамитом. Лампа должна взорваться, когда ее зажгут. Но заговор не удается. Базилио случайно поведал о нем Исагани, отверженному жениху, в тоске бродящему вокруг ярко освещенного дома Паулины.
Исагани все еще любит изменившую ему невесту. Мысль о предстоящей ей ужасной гибели для него невыносима. Исагани врывается в дом, где гости сидят за обильным ужином, а на столе уже зажжена роковая лампа. Юноша бросает лампу через окно в реку, и этим предотвращает взрыв.
Тщетно ждут заговорщики условленного сигнала. Сам Симон почти разоблачен. Заговор не удался, и у него нет ни сил, ни энергии взяться за подготовку нового.
Он уходит к тулисанам и вместе с ними ведет партизанскую борьбу против испанских властей. В одной из стычек его настигает солдатская пуля. Раненый, он едва добирается до уединенного домика священника-филиппинца. Здесь Симон-Ибарро умирает, успев рассказать ему свою безрадостную жизнь.
Сила воздействия второго романа Ризаля на филиппинского читателя была не в фабуле и не в наивном замысле заговора Ибарро. Громадное влияние «Эль Филибустерисмо» на развитие национально-освободительного движения объяснялось критикой колониального режима, еще более острой и безжалостной, чем в первом романе Ризаля, еще большей ненавистью к монахам. Подготовляя свою месть, Симон соприкасается со всеми слоями населения, и повсюду Ризаль рисует в различных проявлениях картину произвола и издевательства властей и монахов, бесправие и страдание народа.
Большой искренний художник, Ризаль в своем романе не может найти для своих угнетенных героев иного выхода, как путь вооруженной борьбы.
Логика развивающихся событий и неизбежность конфликтов с колониальным режимом толкает на путь вооруженной борьбы и обездоленного монахами крестьянина Талеса, и невинно пострадавшего мирного Базилио, и самого Симона-Ибарро. Пусть само воплощение народного восстания в заговоре Симона нелепо и безнадежно — роман, помимо воли Ризаля, подсказывает читателю неизбежность вооруженной борьбы.
«Эль Филибустерисмо» проникнут значительно более четкими, чем первый роман, призывами к борьбе за полное освобождение народа. В нем уже чувствуется большая зрелость мысли Ризаля. «Жизнь бесполезна — говорит Ризаль устами одного из героев романа, — если она не посвящена великой идее. Она — как камень, бесплодно валяющийся в полях, вместо того, чтобы стать частью постройки».
На всем протяжении романа Ризаль в образах своих героев борется с собой, с раздирающими его самого противоречиями.