Кохрейн не предпринял своевременных усилий, чтобы отделить себя от других подозреваемых в совершении преступления. Общество узнало из газет, что имя Кохрейна поставлено рядом с именами Беранже, трех лжефранцузов, чья вина была очевидной, и других подозреваемых. Он не дистанцировался от своего дяди и поступал так из соображений родственной солидарности. Дав показания под присягой и подкрепив их свидетельствами слуг, Кохрейн считал себя вполне защищенным. Приговор суда стал для него сокрушительным ударом. Морской офицер, много раз смотревший смерти в лицо и сохранявший ледяное хладнокровие в самых критических ситуациях, был поражен в самое сердце и морально раздавлен.
Кохрейна доставили через Лондонский мост в тюрьму Кинге Бенч (тюрьму Королевской Скамьи). Здесь содержали должников и лиц, обвиненных в клевете. Чарльз Диккенс поместил своего мистера Микобера, героя романа о Дэвиде Копперфилде, именно в эту тюрьму. Она была окружена высокими стенами с острыми зубцами наверху. Здание тюрьмы имело четыре этажа, Кохрейну выделили две комнаты на верхнем этаже. Условия его содержания были относительно комфортными. Предполагалось, что он должен платить за свое питание и содержание. К заключенному могли приходить посетители.
Кохрейн написал письмо Элизабет Кохрейн-Джонстон, восемнадцатилетней дочери своего дяди-беглеца. Он признался, что шокирован и очень расстроен, однако чувствует уверенность. Главное — он невиновен!
Враги Кохрейна торжествовали и хотели добить его окончательно. Это было сделано руками самого принца-регента Великобритании. На обеде в Портсмуте, участниками которого были старшие морские офицеры, сын безумного короля заявил о своей решимости вычеркнуть имя Кохрейна из списка служащих флота. Он также обещал лишить Кохрейна ордена Бани.
Адмиралтейство выпустило приказ, который подводил черту под карьерой Кохрейна в королевском флоте Великобритании. Следующий удар последовал 5 июля. Правительство выступило с инициативой об изгнании Кохрейна из парламента; соответствующее решение должна была принять палата общин. Сэр Фрэнсис Бардет и Сэмюэл Уайтбрэд выступали в поддержку Кохрейна. Заключенному позволили на время выйти из тюрьмы, чтобы он мог выступить в палате общин. Кохрейн обрушился с сильнейшей и страстной критикой на судей, сфабриковавших несправедливый приговор. Атака была столь яростной, что Каслри предупредил репортеров — они могут быть обвинены в клевете, если опубликуют речь целиком. В отчет о событии были включены лишь выдержки из выступления Кохрейна. Очевидно, что он еще более навредил себе несдержанным поведением. В то же время некоторые члены палаты оценили его искренность. Голосование показало, что значительная часть парламентариев считают своего коллегу невиновным: правительственную инициативу поддержали 144 депутата, против изгнания Кохрейна было подано 44 голоса.
11 августа в Вестминстерском аббатстве был совершен странный полночный ритуал. Глава ордена Бани выбросил из часовни короля Генриха VII герб и флаг Томаса Кохрейна.
Лорд Кохрейн более не был ни офицером флота, ни кавалером ордена Бани. Британская политическая элита и руководство Королевского флота торопились довершить моральное уничтожение одного из героев великой эпохи. Они не достигли своей цели.
Томас Кохрейн имел множество друзей и сторонников, и в эти тяжелейшие для него дни он не остался наедине со своей бедой. Уильям Коббет выступил с серией разгромных статей в
Тремя днями позже молодой лорд Эбрингтон при поддержке лорда Нугента выступил в парламенте с инициативой об освобождении Кохрейна от позорного средневекового наказания, поскольку он оказал своей стране выдающиеся услуги. 19 июля лорд Каслри объявил о монаршем помиловании для всех приговоренных к ужасному наказанию. Таким образом, Кохрейн теперь не должен был предстать в унизительном виде перед публикой.