Тем временем восстание продолжалось без него. В 1303 году в сражении при Рослине Комин разбил небольшую армию англичан. Успех этот, однако, был временным, потому что в 1305 году Эдуард вновь вторгся в Англию, вынудив Комина признать свое поражение и принести клятву верности английской короне. В 1305 году пленением Уоллеса делу шотландской независимости был нанесен еще один удар. С жестокостью, чрезмерной даже для средневековья, Уоллес был буквально изничтожен. Его протащили за лошадью четыре мили от Вестминстера до Смитфилда, кастрировали, повесили, еще живому вспороли живот, а затем обезглавили. Тело Уоллеса было разрублено на четыре части, которые выставили на обозрение в разных местах.
Уоллес был мертв, а Комин находился под железной пятой англичан. Однако в марте 1304 года, за год до пленения Уоллеса, умер отец Брюса, и Роберт стал прямым претендентом на шотландский престол. Через три месяца, в июне 1304 года, он заключил тайное соглашение с епископом Ламбертоном. Содержание этого соглашения так и осталось неизвестным, но, по словам Барроу, одного из биографов Брюса, «в нем содержались туманные рассуждения о «соперниках» и «опасностях». Теперь принято считать, что соглашение включало в себя план создания независимой Кельтской Шотландии, монархом которой при поддержке Ламбертона станет Брюс. Однако, прежде чем претворять этот план в жизнь, требовалось что-то сделать с Джоном Комином.
Семья Комина, к которой принадлежали лорды графств Бьюкен и Монтейт, была старинной и по влиянию и знатности могла соперничать с семьей Брюса. Сам Джон Комин являлся главой старшей ветви дома и носил множество титулов, в том числе лорда Лохабера, Баденоха и Тайндейла. Несмотря на все ссоры с Брюсом и Ламбертоном, его патриотизм до сих пор никогда не ставился под сомнение. Но после капитуляции перед английским королем Эдуардом в 1304 году он превратился в объект нападок, и репутация его пошатнулась.
Последовавшие события ставят историков в тупик: многое не нашло объяснения еще в те времена, а многое умышленно замалчивалось. Достоверно известно лишь следующее. 10 февраля 1306 года в францисканской церкви в Дамфризе Брюс собственноручно убил соперника. Комин получил удар кинжалом прямо перед алтарем и был брошен умирать на каменном полу церкви. Как свидетельствуют некоторые источники, он умер не сразу, а был перенесен в безопасное место монахами, которые собирались перевязать его рану. Услышав об этом, Брюс вернулся в церковь, притащил Комина назад к алтарю и здесь же добил его. Когда дядя Комина попытался вмешаться, его остановил зять Брюса Кристофер Сетон.
Описание этого события, которое дал через шестьдесят девять лет Джон Барбер, единственный видный хроникер того времени и первый биограф Брюса, отличается странной расплывчатостью – странной, потому что обычно Барбер утомляет своими подробностями, точно указывая имена, даты и цифры. Рассказ о самом убийстве занимает достаточно много места, но практически ничего не говорится о его причинах. Барбер осторожно предполагает, что Брюс и Комин заключили союз против англичан, но Комин искал предлога разорвать его. Выдвигаются предположения, что встреча в церкви была случайной, а убийство не готовилось заранее, а явилось результатом вспышки ярости, последовавшей в ответ на обвинения в предательстве. Однако Барбер сам признает, что существуют и другие объяснения, хотя старательно избегает приводить их. Современные историки подтверждают, что все могло быть не так просто, но предлагаемые ими версии вряд ли можно считать удовлетворительными. Некоторые особенности убийства Комина невозможно объяснить просто нарушением договора или давней антипатией между ним и Брюсом.
Во-первых, существуют убедительные свидетельства, что убийство Комина не стало результатом неконтролируемой вспышки гнева. Наоборот, оно было тщательно продумано и, возможно, отрепетировано. Похоже, Комина намеренно заманили в церковь. Более того, он был вынужден взять с собой свиту из воинов, которые – за исключением его дяди – стояли рядом и не вмешивались.