Но главными оппонентами ортодоксии в продолжившемся после Халкидона споре были не остатки несториан, а несколько партий «монофизитов», которые выступали против формулы собора потому, что она не пошла достаточно далеко в утверждении ипостасного союза. Мы обратимся к более полному изложению монофизитского учения в следующем томе. К монофизитским были отнесены богословские направления, более далекие друг от друга, чем некоторые из них от Халкидона, особенно от Халкидона в той его позднейшей интерпретации, которая утвердилась в значительной степени в ходе конфликта с этими богословскими направлениями. После Халкидона, как и после Никеи, не было недостатка в прозвищах и кличках: обозначения различным богословских партий происходили от абсурдных или еретических выводов, которые, как представлялось, вытекали из их позиций. Эти партийные прозвища, которыми изобилуют как оригинальные, так и вторичные сообщения об имевшей место полемике, часто скорее затемняют ее доктринальное содержание. Подобным образом и технические термины тринитарного и христологического догматов понимались различными партиями и школами по-разному. А потому столь часто высказываемое относительно богословской полемики и столь редко соответствующее действительности обвинение в том, что спор идет лишь о словах, более справедливо применительно именно ко второй половине V века и первой половине VI века, чем к большинству других периодов в истории христианского вероучения.
За этим спором о словах и эпитетах, которыми награждали в пылу полемики, стояли тринитарные и сотериологические следствия учения о личности Христа. Севир Антиохийский обвинял своих оппонентов, которые «говорят, что именно в Своей сущности Логос Божий претерпел спасительный крест и взял на Себя страсти ради нас», и которые «не согласны называть единого Господа и Бога нашего и Спасителя Иисуса Христа единосущным с нами по плоти». А Феодосии Александрийский писал ему в ответ: «Тот, Кто есть один от Святой Троицы, ипостасный Логос Бога Отца, ипостасно соединил с Собою плоть, единосущную нами, подобно нам, подверженную страданиям». Параллелизм «единосущный Отцу» и «единосущный нам», обманчиво простой и в конечном счете неточный, по крайней мере ясно указывал на два ключевых момента в пересмотре христологии.
Борьба против сформулированного в Халкидоне учения о двух природах во Христе после воплощения вела к новой постановке проблемы Троицы как минимум двумя путями. В конце IV века отношение между Одним и Тремя было прояснено — или, во всяком случае, этот вопрос разрешился — благодаря принятию формулы «одна сущность, три ипостаси». Второе лицо Троицы является одной ипостасью из трех. Критикуя халкидонское учение, некоторые монофизиты отождествляли ипостась с «природой», утверждая, что Логос, будучи одной ипостасью, после воплощения все равно мог обладать только одной природой. Но это вело к заключению, что каждая ипостась Троицы имеет природу и является сущностью сама по себе и для себя. Тогда единство Отца, Сына и Святого Духа заключалось бы в Божестве, которое является для Них общим. Это был действенный аргумент против халкидонского учения о двух природах, который, однако, оказался богословски уязвимым. Такая позиция быстро получила наименование тритеизма, ибо свойственная ей аристотелевская интерпретация ключевых тринитарных терминов — ипостась и усия — вела к отказу от какого-либо единства в Божестве, кроме самого абстрактного. Поэтому ответ пришел в той же мере от других монофизитов, в какой и от сторонников Халкидона. Говорящие, что, «если каждая ипостась, когда она рассматривается сама по себе и в себе, является усией и природой, то, поскольку существуют три ипостаси Святой Троицы, существуют также три усии и три природы, должны знать, что они больше других являют свое невежество». Для того чтобы верно определять учение о Троице и при этом оставаться на антихалкидонской точке зрения, требовалось говорить так: «Не было союза усий и природ, которые являются родовыми и общими, — то есть природы, содержащей Троицу божественных ипостасей, Отца, Сына и Святого Духа, и природы, включающей в себя весь человеческий род всех людей, — а был просто союз Бога Логоса и Его собственной плоти, наделенной разумной и мыслящей душой, которую Он ипостасно соединил с Собой». Так был сохранен ортодоксальный тринитаризм Никеи и Константинополя, но следствия, из него выведенные, противоречили теории двух природ в воплощенном Логосе. Один из Трех в Троице воплотился, пострадал и умер.