Хотя колебания, с которыми называли Святого Духа Богом, и можно было квалифицировать как «отрицание арианской ереси на словах, но сохранение ее в мысли», они указывали на полное отсутствие ясности и в словах, и в мышлении богословов Церкви, в том числе тех, кто заявляли о своей ортодоксальности и своем антиарианстве. Маркелл Анкирский, например, отрицал, что Святой Дух имеет Свою собственную ипостась. Он не проводил различия между вечным, или «имманентным», похождением Духа и временным, или «домостроительным», ниспосланием Духа — различие, которое будет фигурировать в средневековых спорах между Востоком и Западом. Поэтому со вторым пришествием Христа уже не будет никакого действия Духа. Недостатки такой концепции стали очевидны, когда учению о Духе начали уделять больше внимания. Но тогда же стал очевиден и уровень богословского мышлении в этом вопросе, что осознавал Григорий Назианзин, еще в 380 году заметивший: относительно Святого Духа «придерживаться несколько нечестия почиталось благочестием». В том же году, подводя итоги споров в ортодоксальном лагере, он пишет: «Что же касается до мудрецов вашего времени, то одни почитали Его [Святого Духа] действованием, другие творением, иные Богом, а иные не решались сказать о Нем ни того, ни другого… почему они и не чтут, и не лишают чести Духа, оставаясь к Нему в каком-то среднем расположении». Однако затем добавляет: «Даже из признавших Его Богом одни благочестивы только в сердце, а другие осмеливаются благочествовать и устами». Причина подобного замешательства заключалась, конечно, не только в «различениях, порожденных суесловием и тщетной лестью», но и в неразработанности учения об отношении Святого Духа к Сыну в Троице.
Прояснение отношения между Сыном и Святым Духом было, несомненно, довольно быстрым и простым способом преодоления этого замешательства. Кирилл Александрийский считал, что утверждения «тождественности природы [ή φυσική ταυτότης]» Сына и Духа было бы достаточно для того, чтобы доказать, что Дух есть Бог, но это, как он сам признавал, значило поставить вопрос. Афанасий за много лет до этого пытался рассуждать в том смысле, что если отношение Духа к Сыну такое же, как Сына — к Отцу, отсюда следует, что ни Сын, ни Дух не могут рассматриваться как творение. Однако такое рассуждение не без основания вызывало язвительные замечания: в этом случае Святого Духа следовало рассматривать как сына Сына, а потому и внука Отца. Тот же аргумент мог бы, конечно, принять более респектабельную форму. Афанасий, например, стремился поднять его до статуса методологического принципа: «Если от Сына должно заимствовать ведение о Духе, то от Него же [Сына] прилично будет занять и доказательства». Этот аргумент в конце концов сработал в обратном направлении. Афанасий утверждал, что, поскольку Святой Дух есть дар не кого иного, как Самого Бога, и поскольку Сын подает Духа, значит, Сын есть Бог. Метафора Сына как «света от света», особенно ее употребление в Евр 1:3, стала поручительством божественности также и Духа, ибо Христос, сияние Божие, просвещает очи сердца Святым Духом. Сопоставление подсказывает, что Афанасий, разработавший основные линии своего богословия в споре о Христе как единосущном, нашел достаточным связать Духа с Сыном, чтобы утверждать, что Святой Дух единосущен, в то время как другие, а именно Дидим, связывали Духа со всей Троицей. Дидим также мог на этом основании утверждать, что «Святой Дух неотделим от Христа». Возможно, самой поразительной иллюстрацией использования аналогии между Сыном и Духом стало повторение в данном случае пассажа о тождестве — Ис 63:7-14, который оказался столь важным для утверждения божественности Христа. Афанасий считал выражение «Дух Господень» в Ис 63:14 доказательством того, что, перефразируя Ис 63:9, не Ангел, а Сам Дух давал упокоение и что поэтому «Дух Божий не есть ни Ангел, ни тварь, но собствен Божеству». И для Дидима слова Исайи служили доказательством того, что верующие в Ветхом Завете приняли благодать не от кого иного, как от «Духа, Который неотделим от Отца и Сына». Ссылаясь на тот же отрывок, он, кроме того, показывает, что грех против Духа есть грех против Святого Израилева; а потому Дух есть Бог. Подводя итог этим толкованиям, Кирилл Александрийский видит в Ис 63:9-14 доказательство тождества усии Святого Духа и Бога, точно так же как экзегетическая традиция видела в этом отрывке доказательство тождественности Логоса и Бога.