Кроме непонятного расположения нового собора, много и других неясностей. Например, посвящение загадочному святому, очевидно, восточного происхождения, малоизвестному и даже лишенному жития (так что флорентийцы чаще говорили о нем как о персонаже с женским именем:
Но с этого момента письменные источники окончательно отказывались работать и от середины IX в. единственным «Вергилием» для спуска в темные века истории становится археология.77
Раскопки выявили пять уровней строительства. Три верхних относились к храмам XI–XV вв. Ниже лежали еще два: мозаичный пол самой ранней из церквей, Уложенный по слою разрушения, и пятый уровень — тоже пол, но уже не церкви, а жилого дома. Они и оказались самыми важными. Дом (конец I в. до н. э. — нач. V в. н. э.) построен сразу после возникновения Флоренции, существовал четыре с половиной века, затем был разрушен " наспех восстановлен. Он непосредственно примыкал к северной городской стене и окончательно исчез после одного из захватов города германцами, причем в его руинах совершили десять захоронений. Появление этих могил говорит о запустении всего города в V в., также как о конце «позднеримской» Флоренции и начале раннесредневековой.Следовательно, средневековая легенда, относящая постройку «Санта Репарата» к 406 г., ошибочна. По мнению Токера, первый храм построен позже, в период восстановления городской стены, около 500 г.: мозаичный пол перекрыл руины и могилы римского периода, причем часть северной стены дома включили в северную стену бокового нефа. Храм был большим (52x26 м, нефы разделяли 14 спаренных колонн), однако отделка не соответствовала размерам. Колонны не из камня, а бетонные, с росписью под мрамор; мозаичный пол, самый большой из известных в это время в Италии, выложен неискусно и грубо.78
Тем не менее это один из самых роскошных храмов Тосканы раннего средневековья, близкий кругу памятников Адриатического побережья середины V — середины VI в. Видимо, период смятения был позади и к VI–VII вв. Флоренция снова вступила в полосу процветания.Таков ответ на вопросы хронологии. Но это не объясняет, зачем понадобилось строить новую большую церковь именно здесь, при северной городской стене? Церковь, не имевшую, сколько известно, ни мощей мученика, которому была посвящена, ни видимой исторической связи с малоизвестным святым, кроме все той же легенды о даровании победы в 406 г. После длительных исследований источников Токер пришел к выводу, что причиной послужил именно стоявший здесь дом, оказавшийся в основании храма совсем не случайно. По-видимому, в нем в 394 г. на несколько месяцев остановился Амвросий Медиоланский, чудесным образом явившийся во время осады Флоренции в 406 г. и обещавший победу над готами. Токер полагает, что дом стал местной святыней и в конце концов определил место возведения собора. Так что средневековая традиция, связывающая «Санта Репарату» с освобождением Флоренции от варваров, в принципе может иметь основание, хотя церковь построена столетием позже, чем полагает легенда. Впрочем, посвящение св. Репарату так и остается не объясненным до конца (Токер полагает, что этот святой каким-то образом был связан с историей предстательства св. Амвросия за Флоренцию).