По сути дела, в годы активной деятельности графа А. С. Уварова по пропаганде раннехристианских и византийских древностей, примерно с 1860-х гг., можно говорить о попытке создания целого направления, новой церковно-археологической школы. В 1863 г. начал выходить журнал «Христианские древности и археология» (по шесть выпусков в год 1862–1877; затем годичные выпуски 1871–1877), который редактировал настоящий энтузиаст церковных древностей — Василий Александрович Прохоров (1818–1882) Преподаватель истории в Морском кадетском корпусе, в 1859 г. он был приглашен читать историю и археологию в Академии художеств и заведовать академическим Музеем древнерусского искусства (формировался с 1856 г.). Работа над всеобъемлющей программой этого курса, включавшего архитектуру, живопись (фрески, мозаики, иконы, миниатюры, заставки) и прикладное искусство (металл, резьба по дереву и кости, шитье и костюм), нашла отражение в многочисленных материалах для журнала (Прохоров, 1872; Он же, 1875; Он же, 1875а). В 1863 г. Прохоров начал археологические поездки по России, изучая такие храмы, как ц. Успения на Болотове, Спасскую Нередицкую, Софийский собор в Киеве. Он первым исследовал фрески Старой Ладоги (очень поврежденные уже в 1849 г.), снял цветные копии с живописи в барабане, собирал из сбитых кусков целые, примерно датировал.
Получив образование в духовной семинарии, В. А. Прохоров имел своеобразный и несколько архаический взгляд на общее развитие русских церковных древностей, отдававший классицизмом. Греческое искусство виделось ему вершиной всех искусств, причем античный и византийский периоды рассматривались в совокупности. В русском церковном зодчестве он предполагал их прямое продолжение. Как и Болховитинов, Прохоров надеялся, что Русь наследовала «греческий храм» в чистом виде — и потому искал его совершенные образцы в Новгороде и Пскове. Убедившись на опыте в обратном, Прохоров решительно отказался от прежней умозрительной концепции. «Положительно можно сказать, что до настоящего времени в России не сохранилось ни одного памятника чисто византийской или греческой архитектуры», — написал он и попытался объяснить «изменения и уклонения от первоначальных своих греческих форм» работой на русских землях романских (немецких и итальянских) строителей. Разработка этого подхода сделала его одной из основных фигур в «концепции заимствований».
Его подход к анализу конкретных объектов был внимателен и трезв, но не равнодушен. Так, одним из первых оценил он важные перемены, вносимые в памятник при перестройках. Описания Прохорова — это настоящий мартиролог утрат, достроек, переделок «самых грубых и бессмысленных». Современники, Мартынов и Снегирев, спокойно отмечали эти переделки — но не делали отсюда методических выводов. Прохоров же увидел в исследовании перестроек суть архитектурной стратиграфии (или, по его выражению, «анатомии»): здания «невозможно изучать… без археологической анатомии… необходимо отделить все последующие прибавления и восстановить их первоначальный облик» (Прохоров, 1872, 2). Он даже пытался прибегнуть к объяснению отсутствия «чисто греческих» храмов плохой сохранностью ранних памятников («новгородская древняя София в настоящее время для нас не существует») и указал на необходимость параллельного изучения деревянных храмов, очень мало тогда известных.36
Нужно полагать, что полный курс истории русского искусства, который ему было поручено составить в 1882 г. для Академии художеств, стал бы очень ярким событием. К сожалению, старый ученый умер, не успев приступить к этой работе.Параллельно начавшемуся процессу целенаправленного исследования церковных древностей продолжались и публикации общих собраний церковной старины (наиболее значительная — «Указатель для обозрения Патриаршей ризницы» епископа Можайского Саввы (1863); справочные издания (П. И. Савваитов, «Описание старинных царских утварей, одежд, оружия», 1865); работы по истории ремесел (Н. А. Аристов, «Промышленность древней Руси», 1866). Известный историк И. Е. Забелин создал многочисленные труды о русском быте, в том числе — о церковной жизни и архитектуре (правда, наиболее важный из них, «Домашний быт русского народа», основан на письменных памятниках). Особенно большой вклад им сделан, благодаря обработке и публикации архивов, в изучение церковных древностей Москвы.