В мае 1915 года за свои труды архимандрит Иларион был награжден орденом Cвятой Анны II степени.
После событий февраля 1917 года в академии произошли перемены. Новым обер-прокурором от Временного правительства В.Н.Львовым с должности ректора был смещен епископ Феодор, а временное управление академией возложено на инспектора архимандрита Илариона. Но уже в следующем учебном году (1917–1918) ректором был избран профессор А.П.Орлов, а архимандрита Илариона назначили помощником ректора.
Как инспектор, а потом проректор отец Иларион заботился в первую очередь о воспитании в студентах церковности. Он привлекал их к активной церковной, просветительской и проповеднической деятельности. С.Волков в своих воспоминаниях дал такой портрет владыки Илариона: «Высокий и стройный, c очень умеренной и пропорциональной полнотой, с ясным и прекрасным взглядом голубых глаз (он был немного близорук, но никогда не пользовался очками), всегда смотревший уверенно и прямо, с высоким лбом… с небольшой окладистой русой бородой, звучным голосом и отчетливым произношением, он производил обаятельное впечатление. Им нельзя было не любоваться… Пожалуй, целостность и была главной чертой его личности. Это смелый, исключительно талантливый человек все воспринимал творчески… Иларион благодатно влиял на меня своей личностью – прямотой, властностью в отстаивании своих убеждений, восторженностью совершаемого им богослужения, энергией и жизнерадостностью… У него самого была поразительная восторженность и любовь ко всему, что было ему дорого и близко, – к Церкви, к России, к академии, и этой бодростью он заражал, ободрял и укреплял окружающих». В воспоминаниях Волкова есть даже такая характеристика архимандрита Илариона: «Для меня Иларион стоит в одном ряду с такими лицами, как патриарх Никон… Илариону нужен был простор исторической арены, чтобы размахнуться чисто по-русски…»
15 августа 1917 года, в день Успения Божией Матери, в Успенском соборе Московского Кремля начал свою работу Поместный Собор Русской Православной Церкви, Собор будущих мучеников и исповедников. Главной задачей Собора было восстановление патриаршества, но мнения по этому вопросу разделились. Среди защитников патриаршества особенно выделялась личность архимандрита Илариона (Троицкого), выступившего с яркой речью, которая произвела на слушателей огромное впечатление:
«Есть в Иерусалиме “стена плача” … В Москве, в Успенском соборе, также есть русская “стена плача” – пустое патриаршее место. Двести лет приходят сюда православные русские люди и плачут горькими слезами о погубленной Петром церковной свободе и былой церковной славе. Какое будет горе, если и впредь навеки останется эта наша русская “стена плача”! Да не будет!» («Почему необходимо восстановить патриаршество?»)
Архимандрит Иларион аргументированно доказал, что там, где разрушается принцип иерархии, разрушается церковная жизнь. Но уже тогда он провидел, каким будет служение нового русского патриарха:
«Теперь наступает такое время, что венец патриарший будет венцом не “царским”, а, скорее, венцом мученика и исповедника…»
Личность молодого архимандрита, конечно, не была широко известна большинству членов Собора. Но когда 28 октября члены Собора приступили к избранию патриарха, одним из кандидатов в патриархи был выдвинут архимандрит Иларион.
5 ноября 1917 года старец Зосимовой пустыни Алексий в храме Христа Спасителя вынул из ковчега, стоявшего перед Владимирской иконой Божией Матери, жребий с именем новоизбранного Патриарха Всероссийского Тихона.
Восстановление патриаршества явилось исполнением заветного желания архимандрита Илариона. По свидетельству одного из современников, после избрания святителя Тихона отец Иларион не смог сдержать радостных слез во время торжественного крестного хода, в котором участвовал новоизбранный патриарх.
Зиму 1918–1919 годов архимандрит Иларион посвятил лекциям в Духовной академии и службам в московских храмах с обязательной проповедью, а также занятиям в комиссии по устройству мировой конференции христианства. После перевода из лавры в Москву отец Иларион поселился на Сретенке у своего друга, профессора Московской духовной академии протоиерея Владимира Страхова, служившего в храме Троицы в Листах.
С приходом к власти большевиков сразу же начались гонения на Церковь. И отец Иларион сделался посредником между патриархом и государством, верной опорой Святейшему Тихону в отстаивании интересов Церкви. Архимандрит Иларион занял при патриархе должность секретаря и главного консультанта по богословским вопросам, за которой на деле стояла роль человека, во всех контактах с советской властью заслонявшего собой патриарха…
10 марта 1919 года архимандрит Иларион был арестован и заключен в Бутырскую тюрьму. Своим близким он писал из тюрьмы со свойственным ему оптимизмом: