Византийская церковь в первой половине XI века была достаточно сильна, но государство слабело от внутренних противоречий. Сельджукские завоевания отняли у нее большую часть Малой Азии. В 1071 году сельджуки захватили Иерусалим — «святые места», что стало поводом для начала крестовых походов (1096–1270). Но противоречия между двумя церквами начали нарастать уже с начала XI века, когда византийцы прекратили упоминать пап при богослужении. Не вызывала удовлетворения столичного патриархата и активная деятельность латинского (западного) духовенства в Константинополе. Попытки в 1024 году договориться о разделе сфер религиозного влияния не привели к успеху. Конфликт достиг значительной остроты в правление патриарха Михаила Кирулария (1043–1058). Как мы уже писали выше, церковь и патриархи в эпоху обострения внутренних противоречий в господствующем классе Византии стали третьей и влиятельнейшей политической силой, посредником, игравшим на противоречиях между борющимися группировками. Кнруларию приписывают утверждение о «минимальном», по его мнению, различии в авторитете светской власти и «священства». Практически же он претендовал на особую власть при слабых императорах, да и реально ощущал себя главой восточных церквей. Человек властный и решительный, Кируларий столкнулся со столь же амбициозными устремлениями папы Льва IX, энергично стремившегося на практике осуществить идею верховенства папского престола. Кируларий решительно отверг претензии Льва диктовать свою волю в догматических и иных вопросах, закрыл подчиненные Риму церкви и монастыри в Византии, объявил ересью традиционное причащение у латинян опресноками (пресным хлебом, а не на закваске, как в Византии). Вопрос этот опять-таки в какой-то мере сводился к пониманию Троицы и проблемы филиокве. По византийским представлениям, именно в закваске — дрожжах — заключался дух святой и, соответственно, причащение пресным хлебом являлось обманом.
Папа, в свою очередь, отлучил Кирулария от церкви, и 16 июля 1054 года посол (легат) папы кардинал Гумберт возложил на алтарь церкви св. Софии грамоту с отлучением и анафемой ему и его сторонникам «со всеми еретиками, вместе с дьяволом и ангелами его». Византийцы, в свою очередь, созвали 20 июля собор, который отлучил легата и объявил всех сторонников западной церкви и всех общающихся с ними еретиками и анафематствовал послов папы. Были уточнены и расхождения, сформулированные уже как обвинения. Помимо спора о филиокве, это вопрос об опресноках, соблюдении субботнего поста, целибате, обычае католических священников брить бороду, крещении не в купели, а обрызгиванием, пренебрежении культом икон, о месте, которое заняло в западной церкви и богослужении скульптурное распятие.
Так началась «великая схизма» — раскол, формальное разделение прежде единой ортодоксальной вселенской церкви на римско-католическую и греко-православную. Нужно сказать, что для отношений между церквами этот раскол тогда не имел особенно принципиального значения. Он лишь четко обозначил различия, расхождения между западным католичеством и восточным православием.
События конца XI века — разгром византийской армии сельджуками под Манцикертом (1071), потеря Малой Азии — приближали Византию к эпохе начала крестовых походов. В результате 1-го крестового похода на Ближнем Востоке образовались западные крестоносные государства, которые стали соперниками Византии и препятствовали укреплению ее власти над бывшими владениями. Папство всячески стремилось упрочить позиции крестоносцев на Востоке, видя в этом один из инструментов подчинения восточной церкви прямому верховенству папы.