В июне 1946 г. на территории Китая был образован ВосточноАзиатский экзархат Московского Патриархата, который возглавил Нестор[626]
с возведением его в сан митрополита Харбинского и Маньчжурского[627]. Он озвучил планы возобновления миссионерской деятельности миссии в Пекине, но патриарх внес коррективы в систему управления дальневосточными епархиями, и архиепископ Виктор перешел в непосредственное подчинение патриарху[628], а Российская духовная миссия была переведена в непосредственное ведение Московской Патриархии. 22 октября 1946 г. Священный Синод постановил утвердить в должности начальника Российской духовной миссии в Китае архиепископа Пекинского Виктора (Святина) и считать его находящимся по епархиальным делам в юрисдикции экзархата, а по делам миссии — в личной юрисдикции экзарха. Этим же определением Пекинская епархия и ее шанхайское викариатство были утверждены в составе Восточно–Азиатского экзархата. Таким образом, на территории Китая сформировались два церковных центра — экзархат в Харбине и миссия в Пекине.В 1948 г. китайские власти арестовали в Харбине митрополита Нестора и нескольких русских священников, а затем депортировали их в СССР[629]
. В управление Харбинской епархией вступил епископ Цицикарский Никандр[630], утвержденный Москвой в должности управляющего экзархатом.Некоторые перемены произошли в церковной жизни в Синьцзяне, где в 1946 г. после смерти настоятеля Кульджинского прихода Ф. Солошенко прихожане возбудили ходатайство перед Московской Патриархией о назначении священника из СССР. На должность благочинного православных церквей Синьцзяна и настоятеля Николаевского храма в Кульдже был назначен протоиерей Д. Млодзяновский. Из‑за отсутствия в это время связи с Пекином он находился в непосредственном ведении Московской Патриархии. Восстановленное Синьцзянское благочиние состояло из следующих приходов: в Кульдже, кроме большого храма, был малый, возглавляемый В. Кочуновским, в Чугучаке служили о. Акимов и Е. Тимаков, в Урумчи — И. Филонский, в Лоуцоугоу — М. Маляровский[631]
.В условиях гражданской войны в Китае усугубился раскол православной церкви. Положение осложнялось и тем, что Шанхайский епископ Иоанн (Максимович) вернулся в ведение Зарубежного Синода[632]
. Гоминьдановское правительство, враждебно относившееся к начальнику миссии владыке Виктору, принявшему советское гражданство, покровительствовало владыке Иоанну, признавая его законным представителем интересов православной церкви в Китае и начальником миссии. Епископ Иоанн предпринимал меры к перерегистрации и переоформлению церковного имущества. Северное подворье миссии в Пекине (Бэйгуань) предполагалось сделать китайской собственностью. Интересы владыки Виктора в Китае защищали представители советских властей[633]. В октябре 1946 г. архиепископ Виктор был даже арестован китайскими властями в Шанхае[634]. Для того, чтобы сохранить за архиепископом Виктором имущественные права на территорию миссии в Пекине, использовались документы, подписанные китайской и советской сторонами 31 мая 1924 года, в которых говорилось, что Бэйгуань является собственностью СССР[635]. Положение миссии в гоминьдановском Китае осложнялось и враждебным отношением к ней со стороны инославных миссионеров, все они видели в православной миссии «советское учреждение» в Китае. Впрочем, именно так ее называли иногда и русские архиереи. Местное русское духовенство в большинстве своем мечтало о возвращении в Россию, часть намеревалась эмигрировать. К осени 1948 г. в Шанхае проживало 8 тыс. русских эмигрантов, многие из них стремились покинуть Китай. Массовая эмиграция началась после занятия коммунистами Пекина, 4 мая 1949 г. отбыл на Филиппины и архиепископ Шанхайский Иоанн (Максимович) со своей паствой и клиром. Большая часть епархиального имущества была вывезена, документы Совета миссии частично уничтожены.Таким образом, в первой половине ХХ века институты Русской православной церкви в Китае прошли сложный путь развития, приведший к созданию Китайской православной церкви. Начальник миссии в Пекине был хиротонисан в епископа, в начале 1920–х годов были образованы и собственно Пекинская и Китайская епархия, и Харбинская епархия. Православие в Китае развивалось в сложнейших условиях раскола Русской православной церкви, борьбы между двумя центрами, пекинским и маньчжурским, противоречий между русской и китайской православными общинами, противостояния с государственными структурами Российской империи, Советского Союза и Китайской Республики. Именно в этот период — во многом благодаря личным качествам выдающегося церковного деятеля Иннокентия (Фигуровского) — православие утвердилось в Китае.