Среди протестантов продолжали множиться расколы и новые течения. Богослов Ульрих Цвингли проповедовал в Швейцарии, его учение отличалось и от кальвинизма, и от лютеранства, и было создано независимо от того и другого. Радикальное движение анабаптизма, участники которого признавали крещение только в сознательном возрасте, восторжествовало в Мюнстере в 1534 году. Наименее радикальные из анабаптистов сформировали менонитское движение, которое, впрочем, тоже не снискало симпатий большинства (в то время как все Нидерланды боролись против Испанской империи, меннониты отказывались вступать в войско, а это не могло встретить понимания в охваченной патриотическим подъемом стране). На стыке анабаптизма и пуританства возникло движение баптистов: они признавали только крещение в сознательном возрасте, как анабаптисты, но при этом не отрицали частной собственности. Баптисты также во множестве эмигрировали в Америку и стали активными миссионерами среди чернокожего и индейского населения. Поскольку они сами принадлежали не к угнетателям, а к угнетенному меньшинству, их проповедь была более искренней и близкой другим угнетенным.
Самым значимым событием – точнее самой большой катастрофой – в жизни Восточной церкви была гибель Византийской империи в 1453 году. Оплот православной церкви оказался в руках мусульман, и это не могли воспринять иначе как наказание за грехи, в частности за компромисс с католичеством – Ферраро-Флорентийскую унию. Православные сделались в исламской империи униженным меньшинством, которое победители называли «райа» – «стадо».
Великое княжество Московское и Великое княжество Литовское после падения Византии стали самыми крупными государствами, где большинство населения было православным. Но Московское княжество имело патриарший престол с 1589 года, а в Киеве был только митрополит. Поэтому Москва все решительней претендовала на «духовное наследство» Константинополя, на право называться Третьим Римом.
С другой стороны, независимости Киевской митрополии угрожала католическая церковь. В 1596 году была заключена так называемая Берестейская уния – частная, в пределах Речи Посполитой, ратификация положений Ферраро-Флорентийской унии. Православная церковь Украины, сохраняя свою обрядность, язык богослужения и внутреннюю структуру, была подчинена римскому престолу. Такая ситуация была невыносимым унижением для национальной и религиозной гордости украинцев, и через 24 года православная иерархия была восстановлена, как говорится, «силовым порядком» – в Киево-Печерской лавре под охраной казаков был рукоположен в митрополиты патриархом Иерусалимским Иов Борецкий и поставлено несколько православных епископов.
В дальнейшем обострение отношений между католиками и православными Речи Посполитой вылилось в гражданскую войну 1648 года. Это была не первая и не последняя на территории Европы религиозная война – во Франции, в Ирландии, в Швеции, в Нидерландах и в Германии то и дело вспыхивали военные конфликты, в которых разделение по религиозному принципу добавлялось к разделению по политическому.
Богословского новаторства на Востоке в это время не было. Однако стоит упомянуть Григория Паламу, автора оригинального учения о божественных «энергиях», т. е. проявлениях, действиях Бога. Согласно Паламе, эти действия не являются чем-то отдельным от Бога, но в них проявляется вся полнота Божества.
Церковь в Новое время
В конечном счете католической церкви пришлось смириться с существованием протестантизма как с фактом. Мало-помалу религиозные войны утихли, сферы влияния были поделены: католики сохранили свое влияние в романской Европе, протестанты – в германской и скандинавской. Латинская Америка стала католической, к северу от Мексики были колонии Англии, а еще северней Англия и Франция делили Канаду. В России, которая стараниями Петра I добилась статуса империи, государственной религией было православие, Балканы пребывали под турецким владычеством, и православные жили там как пораженное в правах меньшинство. Филиппины были католическими, Индия находилась под английским влиянием. Из Китая и Японии христианам пришлось уйти.
Тем не менее, католические меньшинства в протестантских странах и протестантские в католических далеко не всегда сдавались на милость победителя. Волей-неволей господствующим церквам, поддержанным силой «госаппарата», приходилось вырабатывать какие-то правила отношения к инакомыслящим (чаще всего это отношение принимало форму примирения с фактом существования меньшинства) и жесткими мерами пресекать попытки обращать представителей большинства в свою веру.
Объясняется такой подход просто: вера играла все меньшее значение в личной жизни людей, но и все большее значение как фактор государственного регулирования их жизни. Это напоминало последние века одряхлевшего язычества: никого не интересовало, кому человек поклоняется, но почитание государственных богов было его обязанностью. Религия сделалась столпом государственности, короли объясняли свое положение божественным правом.