В настоящее время подобные возражения нельзя читать без улыбки; но во времена Колумба с ними приходилось считаться совершенно серьезно. Колумб блистательно опроверг все эти возражения, а когда дошел до вопроса о противоречии его идей Священному писанию, то из защиты перешел в нападение. Благодаря необычайному знакомству со Святым писанием, поразившему всех присутствующих, он имел возможность противопоставить текстам, в которых видели противоречие его идеям, другие тексты, в которых с равным правом можно было видеть подтверждение этих идей. Спор великого генуэзца с хунтою происходил публично, и масса публики, посещавшая заседания хунты, приветствовала Колумба как победителя. Члены хунты, чувствуя, что почва исчезает у них из-под ног, вместо того, чтобы согласиться с Колумбом, страшно озлились на него. Они надолго затянули спор, а сами между тем стали инсинуировать в том смысле, что Колумб – еретик, так как идет против святых Отцов церкви. Такое обвинение в то время было очень и очень небезопасно, и инквизиция, тогда только что введенная в Испании, уже готовилась подвергнуть испытанию правоверность Колумба. К счастью для последнего, за него вступились папский нунций Геральдини и его брат, а по их просьбе также великий кардинал Испании, архиепископ Толедский, которые к тому же могли сослаться на вполне благочестивую с испанской точки зрения жизнь Колумба, не только строго выполнявшего все церковные обряды, но и добровольно подвергавшего себя разным лишениям, требуемым от самых строгих монашеских орденов, – и противники Колумба должны были оставить его в покое.
Хунта, начавшая свои заседания осенью 1486 года, разошлась весною 1487 года без всякого результата. Председатель хунты, тот самый Талавера, исповедник Фердинанда и Изабеллы, которому рекомендовал Колумба добрый настоятель Палосского монастыря, должен был представить двору письменное заключение хунты относительно проекта Колумба, но он не делал этого, пользуясь тем, что Фердинанд и Изабелла были заняты в то время войною с гренадскими маврами. Только осенью 1491 года заключение хунты было представлено «королям», и оно, конечно, было крайне неблагоприятно для великого генуэзца.
Споры Колумба с хунтой принесли ему пользу в том смысле, что выставили в самом благоприятном виде его благородный характер, его возвышенные стремления, обширный ум и необычайные для того времени разносторонние познания. Все это приобрело сильных и влиятельных друзей, которые впоследствии оказывали ему не раз существенные услуги. Таковы были: Александр Геральдини, брат папского нунция; герцог Медина Сидония; герцог Медина Кинтанила, бывший главным казначеем Кастилии; маркиза Моза, любимица королевы Изабеллы; Хуана де ла Торр, кормилица наследного принца Иоанна, и другие. Но вместе с тем Колумб приобрел и множество врагов, в ряды которых стали все мракобесы того времени, поклонники старины и застоя, вредившие Колумбу как только могли.
В 1487 году Фердинанд и Изабелла осадили Малагу, принадлежавшую тогда маврам. Колумб отправился в лагерь, чтобы возобновить свое предложение; но военные дела совершенно отстранили все мирные вопросы, и Колумб никак не мог добиться аудиенции. Здесь весною 1488 года он получил письмо от португальского короля Жуана II, усиленно приглашавшего его приехать в Лиссабон для организации экспедиции в Новый Свет на условиях, которые некогда предлагал сам Колумб. Но великий генуэзец, потеряв всякое доверие к португальскому правительству, послал отрицательный ответ.
В 1489 году испанцы осадили мавров в Базе. Колумб принял участие в осаде, сражаясь в рядах испанцев. В это время в испанский лагерь явились два монаха из Иерусалима, посланные владетелем Египта, который извещал через них испанский двор о том, что он перебьет всех христиан в своих владениях, если испанцы не прекратят войны против мавров. Эта угроза и рассказы монахов о бедствиях христиан в Святой Земле произвели сильнейшее впечатление на Колумба, и он стал настаивать перед испанским двором относительно скорейшего решения вопроса о принятии или отклонении его предложения. Ему отвечали, что военные действия против Базы отнимают всякую возможность обсуждать его проект. В следующем году База была взята; но тогда препятствием к обсуждению предложений Колумба явились празднества, устроенные в Кордове по поводу этого события. Еще далее внимание испанского двора было всецело поглощено свадьбою дочери Изабеллы с португальским наследным принцем. Лишь осенью 1491 года Колумб получил аудиенцию у Фердинанда и Изабеллы, но только для того, чтобы узнать, что хунта представила отрицательное заключение относительно его предложения, о чем мы уже упоминали выше.